1，產權差異。
很多安置房沒有完全的產權，也就是有完全的房屋所有權，但不壹定有完全的土地使用權。很多安置房的土地性質是劃撥土地，也就是沒有交過出讓金。而商品房是完全產權，即完全的房屋所有權和完全的土地使用權，土地的性質是出讓，即繳納土地出讓金。所以以後安置房再次交易時，可能會被要求繳納土地出讓金。當然，目前對安置房的交易沒有要求，但是法律有要求。所以，壹旦政府出臺政策，很可能就要付出代價。
2、質量上的差異。
安置房的建設利潤往往被限制的要死，所以建築商往往可以偷工減料來增加利潤。再加上職能部門監管不力甚至串通，安置房質量普遍不如商品房。當然也有相對負責的安置房或者質量相對較好的示範項目，但是不多，也算是搖號了。
3.交易時間的限制。
很多安置房都有交易時間限制，也就是幾年內不允許上市轉售。商品房沒有這個規定，只要買已經登記的現房，就可以上市。但是，拍賣的物品是法律不允許轉賣的。