2.支付體驗方面，手機銀行需要輸入支付密碼，而支付寶錢包10000000的日常小額支付不需要輸入密碼，操作更簡單。2013年，“雙11”支付寶單日手機支付4518萬筆，是上年的5倍，占總支付量的24%。
3.手續費方面，手機支付寶錢包向銀行卡轉賬零手續費。手機銀行轉賬收取部分費用，但低於網點和網銀轉賬。比如官網，建設銀行顯示，使用手機銀行辦理同城系統內轉賬不收費，異地轉賬0.15%，跨行轉賬手續費為交易金額的0.3%，最低1元，最高15元。事實上，雙方在運營和手續費上早有交鋒。去年4月，支付寶針對手機客戶端向銀行轉賬，實行單日免費轉賬5萬元，無需輸入收款人銀行信息，簡化了轉賬流程。大部分銀行反應迅速，延長了手機銀行的免費期。
4.功能手機銀行更全面隨著移動支付的井噴式發展，轉賬、手機充值、信用卡還款等功能成為其“標準配置”，水電煤、生活繳費、彩票認購、理財產品等增值服務越來越受到用戶關註。支付寶錢包等第三方支付方式與生活場景結合更好，如轉賬匯款、網購、余額管理、遊戲卡訂購、打車等服務。手機銀行除了轉賬、匯款、繳費、充值、還款等“標準配置”外，還圍繞銀行的專業服務拓展了許多專屬金融服務。比如工行的手機銀行有理財產品、貴金屬等購買服務，還可以申請貸款、購買保險。不少銀行還推出了無卡取現等銀行獨有的功能。
5、安全風險各有招數，支付寶錢包、微信支付等第三方支付在操作上更簡單方便，成本更低。而手機銀行的功能更全面，在額度限制和到賬時間上更有優勢。但無論選擇哪種方式，都需要特別註意安全問題。移動支付的快速發展也暴露出各種安全問題，這也是央行暫停支付寶和微信支付相關業務的重要原因。平衡移動支付的安全性和便捷性之間的矛盾已經成為服務提供商的重要問題。
6.據了解，手機支付寶錢包可開通“支付寶支付密碼+數字證書+手機動態密碼”三重保護服務，確保賬戶安全。微信還推出了賬號保護機制和微信賬號緊急凍結通道兩大安全措施，並與中國PICC P&C合作，對用戶進行全額賠付。手機銀行還為安全問題提供技術支持。比如中國建設銀行的手機銀行，具有身份認證、黑名單交易攔截、賬戶分級控制、超時退出等功能，且交易全程加密。近日，工行推出了手機u盾，將銀行部門的支付安全邏輯延伸到了移動支付領域。
7.某國有銀行人士表示，在支持系統安全的計算機計算能力上，互聯網公司和銀行不可同日而語。“同樣是6位數的賬號密碼，破譯的可能性差別很大。以國有大銀行的計算能力，普通電腦根本無法破譯。”上述人士表示。