根據財政職責，市財政局設21個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、督查、檔案等機關日常運轉工作；綜合協調機關政務；承擔文稿起草、信息、新聞、保密安全、信訪等工作；承擔財稅政策研究工作; 負責地方財政誌編纂工作；負責局機關和直屬單位的財務、房產、車輛、政府采購、國有資產、後勤服務等管理工作。
（二）綜合科。
分析預測宏觀經濟形勢並提出宏觀調控政策建議；管理住房改革預算資金，會同有關部門負責住房公積金財政監管工作；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；審批全市行政事業性收費項目並參與標準的確定；擬訂政府性基金預算編制制度，組織編制政府性基金預算；監管彩票市場和彩票資金；管理全市財政票據；研究提出有關收入分配政策和改革方案；承擔清理規範公務員津貼補貼的具體工作。
（三）法規稅政科。
組織協調有關財政、稅收、財務、會計等地方性政策法規草案的起草修訂及審核上報；承擔局機關有關規範性文件的合法性審核工作；承辦國家賠償費用管理工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作；組織開展全市財政普法工作；承擔財政行政執法監督工作；會同有關部門提出通過稅收調節全市經濟運行和國民收入分配的政策建議；參與擬訂中長期稅收計劃；參與稅制改革方案、重大稅收政策的調查研究工作；參與審核上報符合國家規定的稅收減免、退稅等方面的工作；會同有關部門監督財政稅收法律、法規、政策的執行情況；協調、處理涉及稅務、海關等部門的稅收執法事宜；開展稅源調查分析和重點產品競爭力調查工作。
（四）預算科。
研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；承擔市級政府性基金預算、國有資本經營預算、社會保障預算的審核匯總工作；負責市本級非稅收支納入預算管理工作；承擔市級預算指標管理工作；承擔市對市（縣、區）的預算體制管理工作，做好鹹寧經濟開發區財金局的財政業務指導工作；研究提出全市政府性債務管理政策的建議，建立健全政府性債務的監控管理機制；匯總年度地方財政預算；承擔稅務部門經費管理工作；承擔地方國防方面財務和資金有關管理工作；編制和組織執行全市非貿易外匯收支計劃，承擔非貿易非經營性購匯人民幣預算限額管理和用匯審批工作。
(五)預算編審科。
編制年度市本級預決算草案和辦理市本級預算調整事宜；承擔市本級預算的編制、審核、批復、調整工作；承擔市級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；承擔市級部門預算項目支出評審工作。
（六）國庫科。
承擔全市預算執行及分析預測；執行總預算會計、行政單位會計及政府會計制度，擬訂配套實施意見；組織擬訂國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理市本級財政專戶和預算單位賬戶；負責財政決算及市本級總會計核算；承擔國庫現金管理的有關工作；負責市級財政性資金的撥付以及市對下財政性資金調度；辦理市級收入退庫。
（七）行政政法科。
承擔行政、政法、外事、政府駐外地辦事處等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；擬訂行政性經費的財務管理制度，研究提出行政性經費開支標準和定額；組織開展相關財政支出績效評價工作；承擔統壹著裝管理工作；承擔出差和會議飯店定點管理有關工作。
（八）教科文科。
承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；擬訂事業單位通用的財務管理辦法，擬訂新聞、出版行業的財務制度；擬訂有關資金的財務管理制度；組織開展相關財政支出績效評價工作；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作；承擔市級國有文化企業資產與財務管理的有關工作。
（九）經濟建設科。
承擔發展改革、交通、國土資源、建設、環境保護等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；參與擬訂地方建設投資的有關政策；擬訂基本建設財務管理制度；擬訂有關資金的財務管理辦法，承擔有關政策性補貼資金財政管理工作；組織開展相關財政支出績效評價工作；按規定管理資源性資產權益；組織協調與有關部門在財政投資領域的政策和項目安排。
（十）農業科。
承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；擬訂財政支農資金管理辦法；管理財政支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧資金；組織開展相關財政支出績效評價工作。
（十壹）農村財政財務科（農村財政管理局）。
指導鄉鎮財政財務管理和財政所有關工作；指導農村村級財務管理和會計工作，指導村級財務會計委托代理工作；參與財政涉農補貼資金的發放管理；參與農村綜合改革及其他相關工作。
（十二）社會保障科。
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生、移民、老幹部管理機構等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；會同有關方面管理地方財政社會保障和就業、醫療衛生等支出；會同有關方面擬訂有關資金（基金）財務管理制度；組織開展相關財政支出績效評價工作；會同有關部門擬訂全市社會保障基金投資管理辦法；承擔社會保險基金財政監管工作；負責市級社會保障資金（基金）財政專戶的管理和核算工作；編制市級社會保障預決算草案；匯總審核全市社會保險基金預決算草案。
（十三）企業科。
承擔市級國有資產監督管理、經濟和信息化、安全生產監督管理等方面的部門預算有關工作，研究提出支持企業改革和發展的財政政策；擬定全市國有資本經營預算管理制度和辦法，會同有關部門組織市級企業國有資本收益收取，匯總編制國有資本經營預算草案並監督實施；監督執行企業財務制度，組織編制企業財務會計報告；參與擬訂企業國有資產管理相關制度，擬訂有關財政性資金的財務管理辦法並監督執行。
（十四）金融國際科。
擬訂地方金融類企業財務管理制度,承擔地方金融類企業財務監管工作；按規定管理政策性金融業務；承擔地方金融類企業國有資產管理工作；按規定管理外國政府貸（贈）款；組織開展相關財政支出績效評價工作；承擔市政府外債信用評級工作；承擔國債發行、兌付和國債市場監管工作。擬訂政策性金融貸款項目建設計劃，做好政策性金融貸款管理工作；研究分析國際財經問題，提出有關政策建議；承擔國際多邊和雙邊財經合作事宜；承擔有關國際金融組織貸（贈）款、擔保及與上述貸款配套使用的聯合融資項目的申報、前期準備、評估談判、轉貸（贈）及償還工作，監管資金的使用。
（十五）商貿科。
承擔商務、糧食、供銷、貿促會等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策建議；擬訂內外貿流通及供銷、糧食企業財務管理辦法；擬訂有關資金的財務管理制度，承擔有關政策性補貼資金、重要生產生活資料專項儲備等資金的財政管理工作；組織開展相關財政支出績效評價工作；管理糧食風險基金。
（十六）會計科。
貫徹執行會計法律、法規、會計準則和會計制度，研究提出全市會計改革和發展的政策建議；負責全市會計從業資格管理工作；按規定承擔全市會計專業技術資格管理和會計人員培訓工作；負責全市會計師事務所的行政審批和服務監管工作；負責市級會計代理記賬機構的行政審批和服務監管工作；承擔指導和監督註冊會計師、會計師事務所的業務工作；指導全市會計電算化、信息化及市會計學會、協會的工作。
（十七）行政事業單位資產管理科（績效評價科）。
擬訂全市行政事業單位國產資產管理政策、制度、辦法和資產配置標準；指導全市行政事業單位國有資產產權管理工作；負責市本級行政事業單位資產配置、使用、處置管理及資產收益征管；承擔有關資產評估管理工作；擬訂財政支出績效評價有關制度和方案，擬訂績效評價標準、方法和規程；會同有關科室組織實施財政支出績效評價工作。
（十八）政府采購管理科。
監督實施政府采購政策、制度；擬訂全市政府采購監管辦法，指導和監督全市政府采購工作；擬訂全市政府采購目錄和標準；辦理政府采購代理機構的行政許可事項；承擔全市政府采購協議（GPA）談判組織工作；辦理全市政府采購中的投訴事項；參與編制、審核、批復市級政府采購預算；負責審核下達市級政府采購計劃；確定市級政府采購方式，審核進口產品政府采購；負責對集中采購機構和其他代理機構的考核監督。
（十九）信息技術保障科。
擬訂全市財政信息化建設管理制度和技術標準；擬訂並組織實施全市財政信息化建設發展規劃和年度計劃；指導推進全市財政信息化建設，承擔市級財政信息化建設項目和資金管理工作；編制年度市級財政信息化建設經費預算；組織開展財政業務應用系統的技術服務及培訓工作。
（二十）財政投資評審科。
承擔財政投資評審管理工作；擬訂財政投資評審管理制度和市級年度投資評審計劃；組織開展市級財政性投資項目預、決算評審和建設項目的後評價工作，參與工程驗收工作；組織開展相關投資項目績效評價工作；編制年度市級財政投資評審經費預算，管理市級財政投資評審經費。
（二十壹）人事科。
承擔局機關和直屬單位的幹部人事管理黨群工作；擬訂並組織實施財政系統教育培訓規劃；調查研究全市財政系統幹部隊伍建設現狀，指導全市財政系統精神文明建設，組織全市財政系統的表彰活動。
市農村綜合改革領導小組辦公室 負責起草全市農村綜合改革規劃、方案和重大政策措施，指導和推動改革工作。承辦市農村綜合改革領導小組的具體工作。辦公室下設綜合組、農村義務教育改革組和鄉鎮配套改革組。綜合組負責辦公室日常事務工作；參與農村配套改革政策性研究。農村義務教育改革組負責研究農村義務教育改革的有關問題，提出政策性意見和建議，指導農村義務教育改革工作。鄉鎮配套改革組負責研究鄉鎮配套改革的有關問題，提出政策性意見和建議，指導鄉鎮配套改革工作。
紀檢監察機構 按有關規定設置。
離退休幹部科 負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。