雲南省福利彩票發行中心***設1辦6部，分別是：辦公室、市場壹部、市場二部、宣傳部、技術部、財務部及培訓部。各部門的工作職責是：市場壹部主要負責電腦福利彩票的銷售管理和基層投註站點的管理；市場二部主要負責即開型福利彩票及中福在線銷售廳的銷售管理；宣傳部主要負責福利彩票發行的營銷宣傳工作；技術部主要負責彩票銷售系統、機構辦公系統的設備及網絡等方面的技術維護和管理工作；財務部主要負責中心的財務管理工作；培訓部主要負責省中心培訓中心大樓的經營管理工作；辦公室主要負責中心行政事務、安全保衛、文秘等工作。
雲南省福利彩票發行中心擁有ISO9001：2000質量認證，於2005年8月11日取得由認證機構頒發的《質量管理體系認證證書》。