根據上述職責，省財政廳設21個內設機構：
（壹）辦公室（與機關黨委辦公室合署）。 負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、宣傳、保密、信訪、政務公開、機關財務和資產管理等工作；負責機關和指導直屬單位黨群工作。
（二）法規稅政處。 起草有關地方性法規、規章草案；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政處罰聽證、行政復議和行政應訴工作；承擔國家賠償費用管理工作；承擔有關法制宣傳教育工作；牽頭擬訂有關地方稅收政策；研究提出稅制改革、稅種增減、稅目稅率調整以及關稅、進口稅收政策等方面的建議；承擔和組織稅收調查研究有關工作。
（三）預算處。 研究提出財政發展戰略和財政政策，編制中長期財政收支計劃；擬訂地方性政府債務管理的政策；承擔預算管理制度的制定和執行工作；代編年度全省預決算草案，編制年度省級預決算草案和辦理預算核撥；管理省級財力；擬訂省級部門預算管理制度；承擔省直部門預算的審核、批復、調整工作；承擔省財政與中央財政結算、對市縣財政總決算的批復等工作；擬訂省對市縣財政管理體制方案。
（四）地方財政處。 參與擬訂省對市縣財政管理體制方案並組織實施，負責擬訂省對市縣財力性轉移支付方案；承擔地方政府性債務管理工作，指導市縣開展相關工作；承擔省級有償資金和防範化解金融風險準備金管理工作；承擔省財政與市縣財政結算和轉移支付資金撥付工作；指導鄉鎮財政管理體制改革工作；指導、監督市縣財政收支平衡工作。
（五）國庫處。 擬訂國庫管理及財政總預算會計核算制度；承擔省級財政資金調度和財政總預算會計工作；分析全省預算執行情況；匯總編制全省財政總決算；統壹管理省財政資金賬戶；統壹管理省級預算單位銀行賬戶開立、變更和備案；承擔國債兌付及相關管理工作；研究和推行國庫集中收付制度；指導下級財政總預算會計工作。
（六）綜合處。 承擔交通、物價等方面的部門預算有關工作；分析預測宏觀財經形勢；擬訂全省非稅收入管理制度和政策，承擔省級非稅收入收支管理工作；承擔政府性基金立項的審核、報批工作，參與行政事業性收費項目、標準的審核工作；承擔罰沒財物收入管理工作；擬訂彩票管理制度，承擔彩票收益分配和市場監管工作；承擔國土、海域、礦產、彩票公益金等專項收入和政府性基金的管理工作；承擔交通、交警專項資金收支管理工作；承擔財政票據的管理工作；監督省駐穗行政事業單位住房基金使用，參與監管住房保障和住房公積金。
（七）行政政法處。 承擔行政、政法等方面的部門預算有關工作；擬訂行政性經費的財務管理制度和開支標準；承擔省安排的現役部隊、武裝警察部隊專項資金等方面經費管理工作；提出有關收入分配政策和改革方案的建議；承擔行政、政法部門因公出國（境）經費審核工作；承擔行政、政法部門辦公場所修繕、車輛及設備購置等專項經費管理工作；承擔出差和會議定點飯店采購及日常管理事務；承擔統壹著裝管理工作。
（八）教科文處。 承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作；承擔教育、科技、文化、出版、廣播電視、體育、計生、檔案、地震及其他部門事業經費管理工作；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作。
（九）工貿發展處。 承擔工交、地質、安全生產、電力等方面的部門預算有關工作；參與擬訂國家與企業分配政策和產業政策；承擔工交、商貿等企業財務制度的制定和管理工作；組織擬訂國有資本經營預算制度，承擔省級國有資本經營預算編制、執行和監督工作；承擔資產評估行業監管工作；承擔省財政支持現代產業、環境保護、安全生產等服務經濟社會發展的財政專項資金的管理工作；擬訂糧食等重要物資儲備的財政政策，承擔有關資金管理工作。
（十）農業處。 承擔農業、林業、海洋漁業、水利、國土、氣象、扶貧等方面的部門預算有關工作；承擔契稅、耕地占用稅的征收管理工作；承擔農口部門有關專項資金及基建項目管理工作；擬訂財政支農資金管理辦法；承擔村莊規劃、廉租住房保障專項補助資金管理工作。
（十壹）經濟建設處。 參與投資體制改革和財政性資金計劃安排；參與國債資金的安排、審核和監督；參與審核財政性資金投資項目工程概算，承擔財政性資金投資項目工程預算、結算和竣工財務決算審核工作；承擔財政投資重大工程項目的財務監管和其他項目財政性投資的財政監督工作；擬訂代建項目財務制度；參與工程造價管理。
（十二）社會保障處（與省社會保險基金財政管理辦公室合署）。 承擔社會保障和就業、醫療衛生等方面的部門預算有關工作；擬訂社會保障資金財務管理制度；承擔社會保障資金財政監管工作；編制省級社會保障預決算；擬訂養老、醫療、失業、工傷、生育等社會保險基金財務管理制度；承擔社會保險基金財政監管工作；審核全省社會保險基金預決算，參與研究社會保險制度改革和制訂相關政策；參與社會保險基金收繳、撥付、核算等管理工作。
（十三）外經金融處。 承擔外經貿、旅遊等方面的部門預算有關工作；擬訂和執行涉外、地方金融的財政政策；指導和監督外經貿、旅遊、外商投資、境外企業執行財務會計制度；承擔有關涉外收入的監繳和管理工作；承擔地方金融機構財務監管和省屬金融企業國有資產管理工作；承擔非貿易外匯管理工作。
（十四）會計處。 承擔全省會計管理工作；承擔會計人員從業資格核準和會計電算化指導監督工作；指導代理記賬工作；承擔依法核準會計師事務所及其有關業務的工作；承擔註冊會計師行業的有關監管工作；協同有關部門做好會計專業技術資格考評工作。
（十五）績效評價處。 承擔財政支出績效管理工作；承擔會計決算工作；擬訂財政資金支出績效評價管理的有關政策和制度；擬訂財政支出績效評價指標體系、評價標準及業務規範；組織實施財政支出績效評價；組織開展企業、行政事業單位等會計決算報表匯總和分析工作，提出建立公***資源統計報告制度和建立公***資源數據庫的建議。
（十六）行政事業資產管理處。 組織擬訂本級行政事業單位資產配置及資產費用標準，參與提出有關年度預算計劃；承擔省級行政事業單位國有資產配置、處置和對外投資、出租、出借、擔保等事項審批工作；承擔本級行政事業單位國有資產收益監繳工作；承擔行政單位未脫鉤經濟實體、事業單位創辦的具有法人資格的企業以及省級文化企業國有資產管理工作；承擔產權登記、產權界定、產權糾紛調處、資產評估、資產清查、統計報告等工作。
（十七）農業綜合開發辦公室。 擬訂農業綜合開發項目、資金管理和財務管理制度；組織編制農業綜合開發計劃及中長期規劃、年度預算和決算；承擔財政性農業綜合開發資金安排及管理；開展項目前期準備和申報工作；按計劃組織項目實施，檢查項目和資金的執行情況，組織項目竣工驗收。
（十八）農村財務管理處。 指導、監督農村財務管理工作；指導、監督農村財務公開與民主管理工作；承擔村組民主理財小組成員的培訓工作；承擔農村集體經濟審計監督與管理工作；監督村級債務管理工作。
（十九）政府采購監管處。 擬訂政府集中采購目錄、政府采購限額標準；參與審核省級政府采購預算；管理省級政府采購方式；承辦政府采購代理機構乙級資格的認定工作；監督管理省級政府采購活動；處理政府采購供應商投訴；對省級集中采購機構進行考核；承擔全省統壹電子政府采購平臺建設和管理工作。
（二十）監督檢查局。 依法對財政收支進行監督檢查；依法對國家機關、社會團體、企業、事業單位和其他組織會計信息質量進行監督檢查；依法對註冊會計師行業進行監督檢查；依法處理相關違法違規問題。
（二十壹）人事教育處（與離退休人員服務處合署）。 負責機關、直屬單位人事管理、機構編制、勞動工資、離退休人員服務、安全保衛等工作；擬訂並組織實施財政系統教育培訓規劃；管理廳屬學校。