1987年11月，還在就讀初二的木村拓哉加入了Johnny's事務所，1988年3月被事務所指派與其他五人組成SMAP而正式出道。 1989年因演藝活動集中在東京，在犢橋高中就讀的木村拓哉在高壹時轉學至東京代代木中學，住在東京的姑母家中。16歲的木村拓哉被國際著名舞臺劇大師蜷川幸雄選中，參演根據唐十郎作品改編的舞臺劇《導盲犬》，公演時木村剛滿十七歲，被業內評論家稱贊“具有天生巨星光芒和令人難以忘懷的魅力”，木村也因此對表演著迷。
1990年參演日本單元劇《弟弟》，飾演曾我碧郎。
1991年在電視劇《拄拐杖的橄欖球員》中飾演壹名殘疾球員。 1992年參演北川悅史子編劇的女同作品《是誰偷走我的心》，開始走紅。
1993年在電視劇版《伊豆的舞女》中擔綱男壹號；在《愛情白皮書》中擔任配角，飾演取手治並憑借該劇榮獲TV Guide和TV Life的最佳男配角獎；同年進入有“人氣風向標”之稱的《anan》雜誌“最受歡迎男性”排行榜並取得第五名。
1994年憑借首部電影《SHOOT》榮獲石原裕次郎新人賞；在青春偶像劇《青春無悔》中飾演上田武誌。1996年初為KANEBO唇膏代言，成為首位為女性化妝品代言的男性名人；同年在都市戀愛劇《悠長假期》中飾演彈鋼琴的音樂學院畢業生瀨名秀俊；12月12日木村個人策劃並通過個人事務所（以其父名義註冊）出版同名寫真集《木村拓哉》。
1995年據世界五大傳播公司之壹的電通（Dentsu Communication Institute Inc.）調查，“Kimutaku現象”（木村拓哉現象）在95年創造了1520億日元的經濟效益；他的名字成為“美男子”的代名詞；公眾對他的昵稱“Kimutaku”（木村拓哉Kimura Takuya的縮寫）家喻戶曉，並於次年被編入詞典。“拓哉”在日本是艱僻的漢字組合，人名選用率極低，木村出生的1972年選用率僅排在第962位，受木村影響，95年“拓哉”躍居嬰孩命名第9位，容易讀寫的“拓也”（發音及日文假名寫法與“拓哉”完全相同）取得第壹位。至2011年，僅木村所屬的傑尼斯事務所招進的小學員之中便有5人叫拓哉、1人叫拓也，名字中帶“拓”字的有15人。木村所攝廣告亦大受歡迎，海報壹貼出便被撕走，難以承受更換費用的商家只好雇傭警衛看守海報，成為當年壹大怪現象。受邀出演《禦法度》中美少年加納壹角，由於種種原因電影推遲三年才開拍，導演大島渚在《禦法度》公映時還強調沒能讓木村主演是他最遺憾的事。
1996年，年初為KANEBO唇膏代言，成為首位為女性化妝品代言的男性名人。春季主演《悠長假期》，飾演彈鋼琴的音樂學院畢業生瀨名秀俊，該劇被視為日劇巔峰之作，已成為日劇經典，木村也開始被冠之以“日劇天王”的稱號。該劇播出時造成了著名的“月九不出門”、又稱“OL不出門”現象，大量男性湧入鋼琴教室學彈鋼琴，劇中瀨名住的公寓樓成為旅遊勝地，被稱為“瀨名樓”。
1996年12月12日，木村個人策劃並通過個人事務所出版寫真集，這段小插曲在Johnny's事務所歷史上是第壹次發生也是最後壹次。這本名為《木村拓哉》的寫真集成為日本男性寫真史上唯壹超級暢銷作品，其藝術性與大膽出位受到各方高度贊賞。這本寫真集在亞洲很多地區引起轟動，王家衛被其中壹張木村中國宮廷女裝照吸引，於1997年邀請木村出演《2046》。盡管首次運作獲得極大成功，木村個人的事務所還是在不久之後便無聲無息地消失了。
1997年，木村近乎歇斯底裏的危險氣質成為他表演“BAD BOY”的潛質。他在日劇《GIFT》中玩蝴蝶刀，造成大量因青少年模仿而發生的傷害事件，迫使劇組不得不刪減木村玩刀情節。1998年初相繼發生幾起刑事案件，其中壹起是學生刺死老師，那位學生向警方供認自己是模仿木村在《Gift》裏的角色。日本媒體不從社會自身找原因，卻紛紛指責該劇和木村，《GIFT》被永久禁播，已開始發售的錄像帶也被從商店貨架撤下。同年，參演青春偶像劇《戀愛世紀》，飾演片桐哲平並憑借該劇第二次獲得日劇學院賞最佳男主角 ；同年木村代言TBC美容院廣告獲得成功，日本第壹家男性美容院誕生。其他美容院也紛紛效法，日本男性美容業從此發展起來。
1998年，在電視中跳parapara舞，帶起日本的parapara風潮，並在此後蔓延亞洲各國。 參演都市戀愛劇《沈睡的森林》，飾演伊藤直季並憑借該劇第三次獲日劇學院賞最佳男主角。
2000年，出演《美麗人生》，最高壹集收視高達41.3%，第四次獲日劇學院賞最佳男主角。該劇引發關於殘疾人相關問題的熱議，木村在劇中的發型、服飾和用品盛行壹時，在日本及亞洲很多地區形成潮流。年底的SMAP演唱會上突然宣布婚訊造成巨大轟動，日本國家電視臺NHK每15分鐘滾動播報，被當時的日本媒體稱做只有“天皇駕崩”才能相提並論。
2001年，頂著巨大壓力出演《Hero》。因木村結婚，該劇遭冷處理，取消了本應有的宣傳，但該劇首集收視卻高達33.4%，最終成為日劇史上唯壹壹部每集收視均超過30%的劇集，是日劇史上的輝煌頂點。第五次獲日劇學院賞最佳男主角。由於木村在劇中飾演檢察官，令本不受歡迎的檢察官取代律師成為當時各校法律專業學生首選的職業。
2002年，出演《從天而降的壹億顆星星》，正值韓日世界杯在日本舉行，與世界杯巴西等強隊比賽對撞，仍取得二十多點的好成績，第六次獲日劇學院賞最佳男主角。
2003年，木村主演的以航空業為背景的《Good Luck》播出後，在911後陷入不景氣的日本航空公司收到大量求職信，航空業成為日本人最向往的職業，日本以外地區包括中國內地也有年輕人因此以航空為誌願，報考航空院校、成為飛行員；片中出現的全日空航空公司（ANA）股票大漲。同年出版隨筆集《開放區》，兩周內售出20萬本成為最暢銷作品。
2004年，因在《Pride》壹片中飾演名為halu的冰球選手，令在日本極受冷落的冰球運動掀起了高潮、得到了普及，冰球觀眾增加了3倍，大量家長送自己的孩子去冰球學校。日本冰球聯盟JIHF為此以halu這個名字授予劇組錦旗，並把“日-俄冰球友誼賽”命名為“Pride Cup”。5月，《2046》入圍戛納電影節競賽片。木村赴法參加嘎納電影節期間，在回答記者對於嘎納印象的提問時說戛納“像熱海”，結果在日本引發了去熱海旅遊的熱潮，拉動了熱海經濟。該市長專門通過媒體表達了對木村的感謝之情。同年，給宮崎駿導演的動畫電影《哈爾的移動城堡》男主人公哈爾配音，得到了評論家與公眾的高度贊揚。制片人鈴木用“完美”來稱贊木村的配音。宮崎駿大師對配音壹向要求嚴苛，對女主角配音NG多次，飾演女主角的倍賞千惠子用了近壹個禮拜的時間才完成配音，但對於木村卻毫無要求、任其自由發揮，最終木村配哈爾這個角色只用了3個半小時。宮崎駿認為木村就是哈爾，對其配音極為滿意。
2005年，在日劇《Engine》中飾賽車手，為再現承受超越常人極限考驗的職業車手進行嚴格訓練甚至練粗頸項，沒用替身，在超重與近乎沸點的高溫下實拍賽車場面。
2006年，《武士的壹分》為木村贏得權威的日本電影學院獎最佳男主角優秀獎及最優秀獎提名、藍絲帶獎最佳男主角提名，他所屬的傑尼斯事務所卻替他回絕獎項與提名，聲稱旗下藝人不參加任何競賽性獎項評選。東寶電影公司社長、日本學院獎事務局局長富山省吾在優秀獎發布會上踢爆此事內幕：“完全不是木村本人意願，而是其所屬事務所的決定”，說事務局與木村所屬事務所反復協商卻未得到好好對待，對此結果感到極其無奈。盡管如此，由北野武任評審主席的東京體育電影大獎仍不顧事務所回絕把最佳男主角頒給木村，歷史最悠久的“電影旬報十大”也將木村選為該年度最佳男主角第二名。2007年，木村又憑該片獲封日刊體育電影大獎影帝。同年主演的《Hero特別篇》以平均30.9%、瞬間34%的收視率延續《Hero》的傳奇，成為當年除世界杯等體育賽事轉播之外，所有民間節目中收視率最高的電視節目。
2007年，木村在《華麗壹族》中的出色演繹令他在韓國首爾電視獎32個國家130位男演員的競爭中力壓群雄，奪得影帝頭銜，第七次獲日劇學院賞。該劇原著作者山崎豐子在看劇後向木村表示感謝，並稱他為“木村鐵平”。《華麗壹族》外景地成為旅遊熱門地點；劇中人物活動的主舞臺神戶市入境遊客超過壹千萬，創神戶入境遊客流量史上第二高（第壹為1981年神戶世博會）。木村在片中所著YSL西服雖昂貴，也被搶購壹空，在臺灣也壹個月狂賣上百件，更有不少日本觀光客指名購買。該劇周邊商品“華麗面包”首日售出105萬只，遠超原先預計的40萬只，生產廠商山崎面包稱：通常新產品首日銷售30萬只就是大熱賣，此次華麗面包的銷量可說是業內的壹個紀錄。最終華麗面包銷量達壹千萬只以上，為山崎面包史上銷量第壹。《武士的壹分》最終票房41億，約為山田洋次導演“武士三部曲”前兩部票房加起來的兩倍，打破日本時代片票房紀錄，成為松竹電影公司史上最賣座的電影。秋季公映的由木村主演的《Hero電影版》票房達81.5億，成為07年日本本土電影票房冠軍。連續八年、合計第九年當選日本廣告綜合研究所《日本廣告白皮書》“廣告代言人好感度排行榜”男性部門（又稱CM King）第壹名。在《日經娛樂》對日本藝能界所做的年末盤點中，木村在影視廣告各方面的成績“沒有語言可以形容”，高居2007年度最熱人物排行榜榜首。
2008年，主演政治劇《Change》飾演日本史上最年輕的首相朝倉啟太，挑戰日劇史上平均收視只有10%的政治題材，最終木村主演的《Change》創下21.7%的政治劇最好成績。第八次獲日劇學院獎最佳男主角。最後壹集朝倉總理的22.5分鐘長篇講演有15頁臺詞，並設計為壹鏡到底的長鏡頭，木村既未用提詞板也未NG，壹氣呵成，創造了日劇史上最長單鏡頭記錄。雖然最終回木村獨角戲長達22.5分鐘，是極為冒險之舉，但收視率未跌反升，在此期間飆升4%，使最終回以平均27.4%、瞬間31.2%畫上圓滿句號。很多政治家包括日本政府首腦人物如石破茂、長妻昭、中川秀直等都表示在追看該劇，劇中涉及的壹些現實問題也成為話題，每集收視率都被拿來與當時福田內閣的支持率相比。美國《華爾街日報》世界新聞版也撰長文稱福田輸給了這位虛構的首相，日本官方長官町村信孝在記者會上就此回復道：“日本的政治家，沒人能贏木村拓哉。”許多臺灣政客也追看該劇，甚至模仿木村劇中裝扮進行競選。同年，《Hero》電影DVD銷量22.4萬，登頂年度電影DVD銷售榜。
2009年，主演偵探劇《Mr.Brain》，TBS電視臺全面改革，為振興周末期間收視慘淡的土八檔請木村主演《Mr. Brain》。早在《Mr Brain》開播宣傳之際，TBS電視臺便打出了“NO TV, BUT 木村拓哉”的驚人標語。由於木村主演的主人公愛吃香蕉，在當時引起壹股香蕉熱；仿效《華麗壹族》周邊商品推出的“健腦面包”同樣熱銷，成為山崎面包史上銷量第二高（第壹為華麗面包）。該劇最終平均收視20.1%，而土八檔平均收視僅10%。雖然該劇取得了土八檔史上最好成績，但現代人的生活規律決定了這個檔不合時宜，在隨後播出的幾部劇收視極為不佳的情況下，TBS不得不取消了這個檔。
2010年，主演電影《宇宙戰艦大和號》。為提高青少年對宇宙科學的熱情，日本文部科學省制作《宇宙戰艦大和號》啟蒙海報發放到日本各學校，文部科學大臣川端達夫在記者會上說：“希望借此加深大家對宇宙政策的理解”。該片最終票房41億日元，為日本本土電影年度票房排行榜第四位，並被選為《朝日新聞》“2010年度十大最佳影片”。轉年推出藍光光碟，首周銷量創日本影片藍光碟銷量歷代最高紀錄，同時發售的DVD版也在電影部門DVD銷量奪冠；在紀念日本電視開播57年周年的Oricon“電視功勛者”排行榜上，獲選“最有貢獻的演員”。 同年在浪漫愛情劇《月之戀人》中飾演葉月蓮介。
2011年，主演TBS六十周年臺慶劇《南極大陸》，該劇以日本第壹次南極科考隊真實經歷為藍本，戰後的時代背景與題材對剛經歷311大地震的日本人或許有些沈重，但也令無數觀眾在第壹集便感動落淚。同類嚴肅題材的大作收視在10%出頭，《南極大陸》以首集22.2%高開，最後壹集大幅反彈5.3個百分點回升至22%，最終全劇取得平均收視18%的好成績。該劇播出後，去參觀劇中破冰船“宗古號“真身的遊人創下紀錄，僅10月24日壹天參觀人數即為上壹年同期的八倍。為紀念日本電視於該年七月徹底進入數字信號播放時代，富士電視臺實施全國萬人調查“電視史上最令電視生輝的100人”，木村榮登演員榜首。
2012年，主演《Priceless》，第九次獲日劇學院獎最佳男主角，繼續改寫由他自己保持的學院獎獲獎最多演員紀錄；該劇播出後帶動劇中關鍵道具保溫瓶熱銷。繼上年311大地震後立即不聲不響巨額捐款及其他賑災行動後，代言史上最高獎額的賑災彩票。該“東日本大地震復興支援綠色巨彩”計劃銷售660億日元，從中提取88億支援災區重建。雖然其他賑災彩票銷售不佳，僅達成原計劃的三分之壹，木村代言的該彩票卻在壹個月內售出1102億，超出預期67%，成為史上銷量最高的彩票；支援災區的金額也隨之提升至150億。中國“華鼎獎”2011亞洲演藝名人公眾形象滿意度調查日本地區第壹名。
2013年由其主演的穿越愛情劇《安堂機器人》播出。
2014年參演犯罪題材電視劇《HERO2》，飾演檢察官久利生公平。 獲得第82屆日劇學院獎最佳男主角，這是他第十次獲得該獎項。
2015年4月16日主演電視劇《I'm home（家的記憶）》。 2015年7月18日上映主演電影《HERO（律政英雄）》，該片最終票房46.7億，為日本本土電影年度票房排行榜第三位。 同年，主演三池崇史執導的電影《無限之住人》 。