根據上述職責，市財政局內設 15 個職能科室。
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔機關財務、信息、安全、保密、信訪、政務公開、人事、教育培訓等工作。
（二）綜合科
分析預測宏觀經濟形勢並提出宏觀調控政策建議；研究提出有關的收入分配政策和改革方案；管理廉租住房補貼和經濟適用房建設資金；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；管理國有土地出讓收入；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；承擔彩票市場監管和彩票資金管理有關工作；承擔清理規範公務員津貼補貼和事業單位績效工資改革的具體工作。
（三）預算科（條法稅政科）
研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制年度市本級預算草案和辦理預算追加事宜；承擔市本級部門預算審核、批復、調整工作；承擔市本級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；匯總年度全市財政預算。組織起草全市財政、稅收等地方性法規規章草案；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政訴訟工作；承辦國家賠償費用工作。
（四）國庫科
組織預算執行及分析預測，組織實施總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；組織實施國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理財政和預算單位賬戶及總會計核算；編制市本級財政決算草案和匯編全市財政決算，承擔國庫現金管理的有關工作。
（五）行政政法科
承擔行政、政法等方面的部門預算有關工作；擬訂行政性經費的財務管理制度；負責行政事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
（六）教科文科
承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作；擬訂事業單位通用的財務管理制度，擬訂新聞、出版和電影行業的財務制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按規定管理重大科技專項資金；承擔市本級國有文化企業財務管理的有關工作。
（七）經濟建設科
承擔發展和改革、城市規劃與建設、環保等方面的部門預算有關工作；參與擬訂市本級建設投資的有關政策；擬訂基本建設財務管理制度；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金財政管理工作；承擔財政投資評審管理工作。
（八）農業科
承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作；擬訂財政支農資金管理辦法和有關行業事業、企業財務管理制度；管理支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧移民資金。
（九）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作；會同有關方面管理全市財政社會保障和就業及醫療衛生支出；會同有關方面擬訂有關資金（基金）財務管理制度，承擔社會基金財政監管工作；編制社會保障預決算草案，審核全市社會保險基金預決算草案。
（十）企業科（金融科）
承擔工信委、商務、國資等方面的部門預算有關工作；研究提出支持企業改革和發展的財政政策；承擔國有資本經營預算的有關工作；組織實施企業財務管理的各項制度；承擔有關資產評估管理工作；擬訂金融類企業財務管理制度、政策性出口信用保險有關政策，按規定管理政策性金融業務。
（十壹）鄉鎮財政管理局
指導全市鄉鎮財政工作；研究擬訂鄉鎮財政管理的有關制度和辦法；負責全市鄉財縣代管工作；參與社會涉農資金監管，組織財政補貼資金發放。
（十二）外經科
參與研究全市利用國際金融組織和外國政府貸款的有關政策和財務規章；承擔世行、亞行等國際金融組織和外國政府在吉安貸（贈）款、擔保和聯合融資的對外談判、轉貸（贈）、償還工作；監督和管理貸款資金和國內配套資金的使用；承辦涉及港澳臺的合作與交流事務。
（十三）會計科
組織實施國家統壹的會計準則制度、內部控制規範、註冊會計師行業規章制度；管理會計從業資格；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；承擔指導和監督註冊會計師、會計師事務所業務的工作；組織實施會計信息化標準。
（十四）國有資產管理科
擬訂市本級行政事業單位國有資產管理制度和辦法；承擔市直行政事業單位的有關國有資產管理工作；指導縣(市、區)行政事業單位國有資產（資源）管理工作。
（十五）財政監督局（市人民政府財經監督檢查辦公室）
擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策的執行情況，承擔監督檢查會計信息質量的有關工作，依法查處違法違規行為；反映財政收支管理中的重大問題；提出加強財政管理的政策建議；指導全市財政監督業務工作。
市契稅征收管理分局（行政服務科）。負責市區（吉州區、青原區）及井開區範圍內契稅和耕地占用稅的征收管理工作；負責在市行政服務中心辦理行政審批工作。
紀檢組（監察室）。為市紀委（市監察局）的派駐機構。