根據上述職責，上海市財政局設18個內設機構。
辦公室
綜合處理局機關日常政務。負責公文運轉、重要會議組織、擬定有關行政管理規章制度並組織實施；負責機要、通訊、督查、信訪、保密、檔案管理；負責人大代表書面意見、政協委員提案的協調和督辦；負責政府信息公開、新聞宣傳、網站管理工作；負責財務與資產管理、對外接待、後勤保障及安全保衛工作。
政策法規處
負責推進依法行政綜合工作，對本局起草的法規、規章、規範性文件和重大決策及人大意見、政協提案答復的法律審核；組織會簽相關法律法規，報送財政立法計劃；負責行政復議、行政訴訟、行政處罰聽證等工作；組織行政審批改革相關工作；組織清理規範性文件；負責重大案件審查、執法案卷評查；梳理和公開財政執法主體、事項和依據；開展執法人員資格管理；統壹編制執法文書。
人事教育處
負責市局機關和直屬事業單位的機構設置、職能調整、人員編制管理；負責人員錄用、調配、任免、監督、考核、獎勵、處分、出國、工資福利、專業技術職務、人事檔案（信息）、離退休幹部等組織人事管理工作；制定並組織實施市財政系統教育培訓規劃。 ·
信息技術處
編制本市財政系統信息化建設與應用規劃，並組織實施；擬訂財政信息化建設管理制度、技術標準和規範；承擔財政管理應用系統開發和數據利用管理；負責財政信息系統的運行維護和安全保障工作；為財政改革和管理工作提供技術保障等。 ·
綜合規劃處
綜合規劃處（綜合經濟研究室）研究擬訂本市中長期財政改革和發展規劃並組織實施；組織管理本市財政系統的課題研究工作，對綜合性、全局性的財政改革和發展問題進行前瞻性研究；參與研究擬訂本市綜合性的財政改革方案；參與研究擬訂本市財稅經濟政策；分析預測本市宏觀經濟和財政發展形勢，並提出綜合性的宏觀調控政策建議。
財政監督處
擬定本市財政監督的政策和制度；監督財稅法規、政策的執行情況；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；依法查處重點違反財經紀律案件；監督檢查市局內部各部門及所屬單位執行財政法規、政策、制度情況。
預算處
編制年度市本級預算草案和預算調整草案；匯總代編年度區縣預算草案；分析報告財政收支執行情況；提出平衡財政收支的政策措施與建議；擬訂市與區縣財政管理體制；負責市與中央、市與區縣的財政結算；擬訂市級財政預算管理制度；審批市級部門預算和調整預算；擬訂本市非稅收入管理相關文件；審批本市行政事業性收費項目與收費標準；負責與市人大財經委、預算工委的匯報溝通；配合審計部門做好對財政的審計工作；匯總地方政府性債務和擬定相關管理制度；擬定鄉鎮財政資金監管辦法。
國庫處
組織實施國庫金庫管理制度、財政總預算會計制度和行政單位會計制度；研究推行本市國庫集中收付制度；負責市級財政資金撥付、調度；匯總並編制市級、區縣、全市財政總決算，匯總行政事業單位決算；統壹管理市級財政銀行開戶和市級預算單位銀行帳戶開立、變更；負責地方債券發行管理；牽頭負責非稅收入收繳管理、財政票據管理、公務用車控制。
政府采購管理處
牽頭擬訂本市政府采購制度政策、編制集中采購目錄草案；審批政府采購形式、方式變更；負責政府采購評審專家、供應商、采購代理機構和政府采購其他事務的監督管理；建設和管理本市政府采購信息管理平臺；處理市級采購項目投訴；負責采購信息公告和數據統計。
行政政法處
負責牽頭擬訂本市行政單位財務管理制度，擬訂相關財政資金管理辦法；對口聯系市委系統、市人大等部門和單位，審核其年度預決算及預算調整，分析預算支出執行情況，參與擬訂行政單位有關財政政策、制度；牽頭負責行政單位資產管理工作；負責國家機關定點飯店招標等管理工作。
教科文處
負責牽頭擬訂本市事業單位財務管理制度，擬訂相關財政資金管理辦法；對口聯系市教委、市科委、市科協等部門和單位，審核其年度預決算及預算調整，分析預算支出執行情況，參與擬訂事業單位有關財政政策、制度；牽頭負責事業單位資產管理工作；審核和監管體育彩票公益金和發行費收支預算。
經濟建設處
負責擬訂本市基本建設項目有關財務管理制度，擬訂相關財政資金管理辦法；對口聯系市發改委、市建交委、市住房保障局等部門和單位，審核其年度預決算及預算調整，分析預算支出執行情況；負責對口聯系部門和單位的資產管理工作。
農業處
農業處（農業綜合開發辦公室）負責牽頭擬訂農業財務管理制度，擬訂相關財政資金管理辦法；對口聯系市農委、市農場管理局等部門和單位，審核其年度預決算及預算調整，分析預算支出執行情況；負責對口聯系部門和單位的資產管理；組織開展全市農業綜合開發項目、資金和綜合管理工作。
社會保障處
負責擬訂本市就業、社會保障、醫療衛生相關財政政策制度和財政資金管理辦法；擬訂社會保險基金、殘疾人就業保障金、福利彩票公益金的財務管理制度；對口聯系市人力資源社會保障局、市公務員局等部門和單位，審核其年度預決算的調整，分析預算支出的執行情況；負責對口聯系部門和單位的資產管理；審核市福利彩票中心彩票發行費收支預算。
企業處
負責擬訂本市企業財務管理制度，擬訂相關財政資金管理辦法；負責市本級國有資本經營預算工作；對口聯系市經信委、市商務委等部門和單位，審核其年度預決算調整，分析預算支出執行情況；負責對口聯系部門和單位的資產管理；負責高新技術成果轉化等地方財政扶持政策和企業政策性虧損補貼的審核；負責財政反補貼調查工作。
會計處
組織實施國家統壹會計制度，指導企事業單位規範會計核算；管理本市會計從業資格及人員、會計專業技術資格考試和高級會計師評審；指導和監管代理記賬機構；負責本市會計師事務所、資產評估師機構的設立審批和日常管理，指導和監督市註冊會計師協會和市資產評估協會工作。
涉外經濟處
負責本市的世界銀行、亞洲開發銀行和外國政府合作項目開發和管理，負責有關財政政策擬訂、貸款項目監督和財務管理；負責本市的非貿易、非經營外匯的管理及批匯、核銷工作；負責本市財政涉外綜合研究、對外雙邊和多邊合作交流。
稅政處
負責貫徹國家稅收政策；組織起草稅收地方性法規、規章草案、實施細則和稅收政策調整方案；研究提出運用稅收政策實施宏觀調控的建議；做好稅收政策執行情況的反饋和稅收資料的調查工作；監督檢查稅收政策的執行情況；負責地方財政部門的關稅工作。
績效評價管理處
負責擬訂財政支出績效評價的相關政策、制度和辦法，擬訂績效評價指標與標準體系；組織對預算編制、執行和財政資金使用情況進行績效評價；負責建立與管理績效評價中介機構庫和專家庫，並對其評價質量進行監督；建立績效評價工作信息庫和績效評價結果應用機制。
監察室
負責市級財政部門紀律檢查和行政監察工作；監督檢查本市財政部門及其工作人員貫徹執行國家財稅法律、法規、規章和有關政策情況；受理財政部門及其工作人員違法違紀行為的檢舉、控告；負責財政部門政風行風建設工作；承辦市紀委、市監察局交辦的其他事項。
直屬機關黨委
直屬機關黨委（工會、團委）宣傳黨的路線方針政策，開展思想政治工作；負責黨的基層組織建設；負責黨內監督工作；組織黨員教育、管理、服務和發展工作；負責統戰工作；推進學習型組織建設；組織開展工會工作、團員青年工作；指導基層單位相關業務工作。