2006年3月新疆體彩足球俱樂部成立，球隊是由新疆體育彩票中心所贊助的，球員以宋慶齡足球學校的隊伍為班底，廖賢木出任主教練。在乙級聯賽中，上半程聯賽中曾壹度排名第四，有望晉級最後的決賽，可是到了下半程以後風雲突變，新疆隊連連失利最終名列積分榜第六。
2007年，湖北足壇名宿羅登仁擔任主帥，並引進了鄭東七等球員，結果在聯賽開始前羅登仁利用關系將球隊拉到武漢集訓，並與當地球隊進行熱身比賽。
聯賽開始後新疆體彩隊穩步上升，多場比賽都以1個凈勝球的優勢取勝，可謂典型的“1比0主義者”，新疆體彩隊的教練組在聯賽休戰期間發生了巨變，原主教練羅登仁因戰績欠佳離開球隊，助理教練帕爾哈提臨時指揮 到了聯賽下半程新疆隊改掉了去年發揮不穩定的毛病，壹路繼續高歌猛進，並且在積分榜上與上海東亞隊輪流坐莊。最終在關鍵的預賽倒數第二輪中主場不敵上海東亞，只能遺憾的以第二名晉級決賽。但決賽階段首輪即遭廣西天基隊淘汰。
2008年的新疆體彩隊，再度未能從北區出線。
2009年，放棄了中乙聯賽。