根據上述職責，市財政局設20個內設機構。
（壹）辦公室
負責政務和有關事務的綜合協調工作；負責文電、會務、機要、檔案等工作；承擔綜合性文稿起草、政策研究、信息、新聞、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責重大政策、局內重要工作和領導交辦重要事項等的督辦工作；承擔機關和部分直屬單位的財務、政府采購、國有資產管理工作。
（二）人事教育科
負責機關和直屬單位的人事和機構編制管理工作；調查研究全市財政系統幹部隊伍建設狀況；制定並組織實施全市財政系統的教育培訓規劃，指導全市財政系統幹部教育工作。
（三）綜合科（清理規範津貼補貼辦公室）
分析預測全市宏觀經濟形勢並提出宏觀調控政策建議；
研究提出有關收入分配政策和改革方案；管理住房改革預算資金；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；
擬訂政府非稅收入管理制度和政策；
管理政府性基金，編制年度市級政府性基金預算草案，匯總年度全市政府性基金預算；承擔彩票管理的有關工作；承擔清理規範公務員津貼補貼的相關工作。
（四）預算科
研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；負責全市收支預算編制的指導、監督和管理；編制年度市級預算草案和辦理預算追加事宜；承擔市直部門預算審核、批復、調整工作；承擔市直部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；研究建立財政支出績效評價制度和評價體系；
承擔市對縣的轉移支付工作，匯總全市財政預算，負責編制全市年度財政決算草案並報市人大常委會審查；擬訂全市地方政府債務管理制度，編制政府性債務預、決算；負責全市財政預算內行政、事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
（五）國庫科
組織全市財政收支預算執行及分析預測；擬訂全市總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；
組織制定全市國庫管理制度、國庫集中收付制度，指導和監督市級國庫業務；
制定和完善資金支付監督管理制度，管理財政和預算單位賬戶及總會計核算；
負責審核匯總全市和市級年度財政總決算和部門決算；
負責市級財政資金調度；承擔國庫現金管理的有關工作；管理市級政府國內債務，負責全市國債發行監管工作。
（六）行政政法科
承擔行政、政法、黨派、群團等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；擬訂行政單位財務管理制度；
研究提出行政性經費開支標準和定額；
負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理；承擔全市統壹著裝管理工作。
（七）教科文科
承擔教育、科技、文化、體育、人口計生等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；
擬訂事業單位通用的財務管理制度，擬訂新聞、出版和電影行業的財務制度；按規定管理重大科技專項資金；負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理；承擔市級國有文化企業資產與財務管理的有關工作。
（八）經濟建設科
承擔發展改革、國土資源、環保、住房和城鄉建設、交通運輸等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；
參與擬訂市本級建設投資的有關政策；
擬訂基本建設財務管理制度；審批市級政府投資基本建設項目竣工財務決算；負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理。
（九）農業科
承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；擬訂財政支農資金管理辦法和有關行業事業、企業財務管理制度；
管理支農專項資金和財政扶貧資金；負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理。
（十）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；會同有關方面擬訂和執行有關資金（基金）財務管理制度；
監督管理市級財政社會保障、就業及醫療衛生支出；負責對所聯系部門（單位）專項資金（基金）的使用情況進行跟蹤問效和監督管理；
編制市級社會保障預決算草案；審核全市社會保險基金預決算草案。
（十壹）政府采購監督管理科
擬訂政府采購的有關政策、制度和中長期規劃；
確定並調整市級集中采購目錄和公開招標采購範圍的限額標準；管理和監督全市政府采購活動；
負責審核監督市級部門政府采購預算；
受理市級政府采購活動中的投訴事項；
負責全市政府采購代理機構資質認定的報批工作。
負責全市加入世界貿易組織《政府采購協議》談判應對工作。
（十二）稅政科（條法科）
審核地方性稅收中對全市預算執行有較大影響的稅收減免退庫；
負責關稅及進出口稅收政策的貫徹並提出相關政策建議；
承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；
承擔國家賠償費用管理工作；
承擔有關行政復議、行政應訴工作。
（十三）企業科
承擔國有資產監督管理、工業和信息化等方面的部門預算有關工作，負責對所分管的各項專項資金使用情況進行跟蹤問效和監督管理，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；
研究提出支持全市企業改革和發展的財政政策；
負責制定國有資本經營預算制度，編制市級國有資本經營預算，審核和匯總編制全市國有資本經營預決算草案，收取市本級企業國有資本收益；
研究提出市級財政支持有關行業的政策；
組織實施企業財務制度及企業財務會計報告編制辦法；參與擬訂企業國有資產管理相關制度。
（十四）服務貿易科
負責商務、糧食、物資、供銷等方面的部門預算有關工作,負責對所聯系部門（單位）專項資金的使用情況進行跟蹤問效和監督管理，審核批復所聯系部門（單位）的年度決算；
研究提出支持服務業發展和促進消費的財政政策；負責商業流通、外貿、糧食、物資、供銷企業的財務和資產管理；
負責有關政策性補貼的發放和監督管理工作；負責糧食、食用油、化肥等戰略物資專項儲備補貼資金的管理工作；
負責公物拍賣企業資格年檢有關工作。
（十五）地方金融科
承擔財政政策與貨幣政策協調配合的研究工作；
擬訂地方金融類企業財務管理制度和地方政策性保險有關政策，管理地方政策性金融業務；
代表政府履行出資人對地方金融類企業資產、財務的監管職責，擬訂地方金融類企業國有資產管理辦法，負責地方金融類企業國有資產的清產核資、資本金權屬界定和產權登記、資產評估、產權轉讓和劃轉管理；
組織實施地方金融類企業國有資本績效考核評價，收取國有資本經營收益；
負責對地方金融類企業國有資產保值增值和財務制度執行情況進行監督；
統計、匯總和分析地方金融類企業國有資產狀況；制定地方擔保行業財政、財務和資產管理的有關政策、制度並組織實施。
（十六）基層財政管理科
負責指導鄉鎮財政對各項惠農補貼和農村基礎設施、公益事業發展財政投入的監督管理；
負責全市耕地占用稅、契稅征收管理工作，宣傳落實有關政策並擬訂具體實施辦法；
編制稅收收入計劃，辦理稅收減免的審核報批等事宜。
（十七）國際科
擬訂國際金融組織和外國政府貸款、贈款管理制度；
負責國際金融組織和外國政府貸款、贈款的全過程管理，承擔項目申請、評審、對外談判、磋商、簽約、轉貸（贈）以及貸（贈）款資金管理與監督工作；
承擔政府國外貸款資金的回收、償還和還貸準備金的管理工作；
對項目執行機構實施項目的工作進行監督管理；
研究分析國際財經問題，承辦涉外經濟合作與交流事務。
（十八）會計科
組織實施國家會計法律、法規、規章、制度；管理全市會計從業資格；
按規定承擔會計專業技術資格管理工作；負責指導和監督註冊會計師、會計事務所的日常管理工作；
組織實施會計信息化標準，指導全市會計電算化、信息化工作。
（十九）行政事業資產管理科（濮陽市人民政府清產核資辦公室）
負責制定全市行政事業單位國有資產管理制度，並對執行情況進行監督檢查；
負責市本級行政事業單位國有資產配置、處置、調劑、出租、出借和事業單位對外投資的審批和監督管理；
制定資產配置標準和相關費用標準，審核編制資產購置預算和審批購置事項；
負責市本級行政事業單位產權登記、產權界定、產權糾紛調處、資產清查等工作；
指導全市行政事業單位國有資產及城鎮集體資產的監督管理工作；
負責全市清產核資工作。
（二十）財政監督檢查局
擬訂財政監督檢查的政策和制度，負責統壹組織全市財稅法規、政策和資金、賬戶等財政財務管理制度執行情況的監督檢查；依法糾正和查處違反財政、財務、會計法律、法規、制度的行為；
反映財政收支管理和重要財政政策執行中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；
負責全市會計信息質量和註冊會計師行業執業質量的行政監督檢查和行政處罰工作。
離退休幹部工作科。
負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。