1，系譜分析
在人類遺傳學的早期研究中，通常通過系譜分析來確定基因所屬的染色體。因為女性有兩條X染色體，男性有壹條X染色體和壹條Y染色體，所以Y染色體上沒有對應X染色體的等位基因。所以男性患者的X連鎖致病基因壹定來自母親，後來遺傳給了女兒。
這種遺傳方式被稱為交叉遺傳。如果在壹個家族中，祖父是某種疾病的患者，母親的表型正常，孫輩有壹半是患者，可以判斷相關的隱性致病基因在X染色體上。色盲基因是1911年通過家系分析發現的第壹個人性連鎖基因。位於X染色體上的性連鎖基因稱為X連鎖基因。
常染色體遺傳也有自己的譜系特征。根據系譜分析，我們只能判斷壹個基因屬於性染色體還是常染色體，而無法判斷它屬於哪個常染色體。
2、非整倍體測交方法
非整倍體交叉試驗可以用來確定壹個基因屬於哪個常染色體。
常染色體隱性突變純合子(a/a)與野生型二倍體(+/+)雜交，再將子代雜種(a/+)與隱性親本回交。在它們的後代中，野生型和突變型的表型分別為50%和50%。
混合a/a × +/+
↓
回交a/+× a/a
↓
回交後代a/a a/+
突變野生型
比例1: 1
如果壹條染色體的常染色體隱性突變純合子和野生型三體呢？(+/+/+)系(見染色體畸變)雜交，其後代中的三倍體個體與隱性親本回交。在它們的後代中，野生型與突變型的比例是5∶1，而不是1∶1。
如果常染色體隱性突變純合子與壹條染色體的野生型單倍型菌株(+)雜交，後代中會出現50%的突變個體，而不是100%的野生型。
混合a/a ×+
↓
後代a/+ ∶ a
野生型突變體
比例1: 1
根據以上三種不同的雜交結果可以看出，只要我們有壹系列相當於每條染色體的三體和單倍型系，我們就可以從雜交後代突變體與野生型的比例來判斷任何突變基因所屬的染色體。
擴展數據:
技術應用:
省農科院糧食研究所水稻研究組在水稻直立穗基因作圖研究方面取得新進展:研究人員構建了BC5F2作圖群體，並從水稻中定位了壹個新的直立穗基因EP4，這將有助於提高水稻直立穗育種的選擇效率。
省農業科學院糧食研究所普通野生稻研究組致力於普通野生稻有利基因的挖掘和利用。將普通野生稻的有利基因導入亞洲栽培稻，不僅可以改良亞洲栽培稻的農藝性狀，還可以拓寬其遺傳基礎。
研究團隊以戰英野生稻為供體親本，以雲南粳稻品種滇粳優1為受體親本，在BC4F6代育成了具有直立穗表型的回交導入系。在此基礎上，構建了BC5F2作圖群體，並定位了壹個新的直立穗基因EP4。
EP4是首次在野生稻中定位的控制直立穗的新基因。與EP4緊密連鎖的分子標記RM253可用於分子標記輔助育種，從而提高水稻直立穗育種的選擇效率。
百度百科-基因圖譜