根據上述職責，市財政局設19個內設機構。
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要等機關日常政務運轉工作；負責辦理人大、政協提案議案；承擔文稿起草、信息、新聞、檔案、安全保密、信訪、接待等工作；牽頭負責局制度建設和政務公開工作；負責重要事項的督查督辦工作；承擔局機關後勤和局屬事業單位的財務、國有資產管理工作。
（二）預算處
（三）國庫處
執行國家金庫管理制度和政府總預算會計制度，組織實施行政單位會計制度；負責市級財政資金調度；匯總編制市級財政總決算和全市財政總決算；研究和完善國庫集中收付制度；建設財稅庫銀橫向聯網系統；統壹管理市級財政性資金賬戶，指導全市財政性資金賬戶管理工作；統壹管理市級預算單位銀行賬戶；承擔國庫現金管理的有關工作；負責綜合性財政統計及分析工作。
（四）政府采購管理處
制定政府采購管理規章制度；落實上級政府采購政策功能；管理和監督政府采購活動；編制政府采購預算和計劃；經市政府授權擬訂政府集中采購目錄、采購限額標準和公開招標數額標準；審批政府采購方式；協助上級機關負責政府采購代理機構資質認定和管理；組織政府采購人員的業務培訓；審核進入市級政府采購市場的供應商資格；建立和管理市級政府采購供應商庫和專家庫；受理政府采購投訴事宜並對違法違規問題進行處理；對全市政府采購工作進行指導和信息統計分析。
（五）綜合處（非稅收入管理處）
分析預測區域經濟形勢並提出區域調控政策建議；負責非稅收入政策研究制定及征收管理、考核；審核、報批政府性基金和行政事業性收費項目；編制年度市級非稅收入及統籌計劃；負責財政票據管理工作；負責市物價局、住房公積金中心、體彩中心福彩中心等部門預算和財務管理；負責彩票公益金管理和彩票市場監管等；負責廉租房建設資金管理和監督；負責土地出讓金收入管理及相關政策研究；負責財政支持項目的資金管理和監督。
（六）稅政法制處
承擔地方稅務部門的部門預算有關工作；貫徹落實國家稅收政策，在權限範圍內研究提出稅收政策調整方案；承擔稅收政策的協調、銜接、審核工作；監督稅收法規和政策的執行情況；開展稅收調查分析；管理稅收減免、退稅、稅收返還有關工作；承擔關稅稅政管理有關工作。承擔規範性文件的合法性審核和管理工作；承擔國家賠償費用管理工作；組織落實財政行政執法責任制；組織、監督、協調行政處罰、行政復議、行政訴訟和行政許可、行政審批有關工作；承擔財政法制宣傳教育工作。
（七）經濟建設處
研究擬定本級財政投資有關政策、制度和建設工程概、預（結）、決算審核辦法；擬定政府投資項目財政評審相關管理制度；負責財政性資金投資基本建設項目的結算、竣工財務決算管理；負責監督和管理用於基本建設和國債專項資金的使用；負責市級城市維護建設資金計劃的草擬和計劃執行財政財務管理；負責市級城建投融資平臺管理工作；參與住房保障政策研究工作。承擔發展改革、港口、交通、環保、建設、國土等方面的部門預算管理有關工作和專項資金管理；承擔相關政策性補貼和專項儲備資金財政管理工作。
（八）工貿發展處
承擔商務、經濟信息、安全生產、國有資產管理等方面的部門預算有關工作；研究提出支持全市企業改革、創新、發展和市級財政支持相關產業的財政政策並承擔相關資金管理工作；參與研究產業政策和企業改革政策；研究提出促進內外貿發展的財政政策並承擔相關資金管理工作；貫徹落實國家與國有企業分配政策；組織擬訂國有資本經營預算制度，編制國有資本經營預算草案，匯總編制國有資本經營決算，收取市屬企業國有資本收益；參與擬定市屬國有資產管理相關制度；組織實施企業財務制度；承擔財政支持項目的資金管理、監督等相關工作。
（九）金融處（市利用國外貸款領導小組辦公室）
承擔旅遊方面的部門預算有關工作；指導和監督旅遊企業的財務管理工作；研究提出支持銀行、證券、保險及新型農村金融組織等各類金融機構發展的財政政策並負責相關資金的管理；承擔農業保險相關管理工作；承擔地方各類金融機構的財務、資產監管工作；貫徹執行國家、省關於外債管理的政策法規，承擔市利用國外貸款有關工作。
（十）行政政法處
承擔行政、政法等單位的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；擬訂行政性經費的財務管理制度；負責財政支持項目的資金管理和監督；貫徹執行國家政法經費保障政策制度；研究擬訂地方配套政策並組織實施。管理財政預算內行政機構、事業單位和群眾團體的出國（境）經費和管理非貿易外匯，承擔行政、政法部門統壹著裝管理工作。
（十壹）教科文處
承擔教育、科技、文化廣電新聞、人口和計劃生育、體育、知識產權等方面的部門預算有關工作；研究制定財政支持教科文事業改革與發展的政策，提出優化事業支出結構的建議；擬訂事業性經費的財務管理制度；監督執行教育、科技、文化等系統財務制度；承擔市級國有文化企業財務管理的有關工作；負責財政支持項目的資金管理和監督。
（十二）社會保障處
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生、老幹部、殘聯、紅十字會、食品藥品監督局等單位的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；管理市財政社會保障和就業及醫療衛生支出，擬訂有關資金（基金）財務管理制度；承擔社會保障資金（基金）財政監管工作；負責財政支持項目的資金管理和監督；負責編制審核市級社會保障預決算草案，負責審核和匯總編制全市社會保險基金預決算草案。
（十三）農業處（市農業發展基金管理辦公室）
貫徹實施國家農業綜合開發的有關政策及資金、財務管理制度；參與編制農業綜合開發規劃和年度計劃；管理和統籌安排財政農業綜合開發資金；負責防洪保安資金的籌集使用、管理；負責農業綜合開發項目的資金及財務管理。
（十四）政策研究處
圍繞財政中心工作，從事財經理論和政策研究；對財政收入、財政體制、政府預算等政策進行研究，為政府制定正確的財政方針政策和提高財政管理水平服務。
（十五）績效管理處
研究制定財政資金績效管理政策、制度和實施辦法；研究建立科學合理的財政資金績效管理機制和預算績效評價體系；負責研究制定財政支出績效評價指標體系和標準體系；負責財政專項資金預算績效目標管理工作；負責組織實施市級財政支出績效評價工作；組織和指導市級部門（單位）開展財政資金績效管理工作；指導縣、區開展財政資金績效管理工作。
（十六）資產管理處
研究擬訂行政事業單位國有資產管理的政策和規章制度；制定行政事業單位國有資產管理辦法和清查登記辦法，組織開展市級行政事業單位國有資產監督管理工作；研究制定行政事業單位國有資產配置、調配、使用、處置、收益管理等政策制度；制定市級行政事業單位資產配置、更新、報廢標準，建立和完善資產管理信息系統；承擔市級文化企業國有資產管理工作；負責審核局相關處室提出的資產預算；參與市級事業單位改制政策的制定並負責具體實施。
（十七）會計處
依法管理全市會計工作；貫徹執行國家統壹的會計法、會計準則、會計制度等規章制度；指導會計人員繼續教育、管理高級會計師考評以及會計代理記賬機構審批等工作；承擔全市會計從業資格和會計專業技術資格管理工作；依法管理和監督註冊會計師行業及相關工作；指導和推廣實施會計信息化標準。
（十八）監督檢查處（市財政監督檢查局）
牽頭組織協調財政監督檢查工作；擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法律、法規、規章、政策的執行情況；依法查處違反財經紀律和打擊報復的案件；監督局內各處室在預算編制和執行過程中執行財政法規、政策和制度的情況；監督局屬單位財務收支管理情況等；依法查處違反財經紀律行為。
（十九）人事教育處
負責局機關和所屬單位的機構編制、幹部人事管理、勞動工資、教育培訓、離退休幹部工作；調查研究全市財政系統幹部隊伍建設狀況，指導系統精神文明建設和思想政治工作；負責對局機關及直屬單位績效考評工作；組織實施財政系統表彰活動；擬訂並組織實施全市財政系統的幹部教育、培訓規劃，指導縣、區財政教育工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢監察機構按有關規定設置。