1998年，長江發生了自1954年以來的又壹次全流域性洪水。6月中旬以來，由於洞庭湖、鄱陽湖持續暴雨、大暴雨，長江流量迅速增加。受上遊來水和汛期影響，6月25日以來，江蘇省沿江潮位超過警戒水位。南京站高潮位於7月6日達到9.90米。蘇南沿江地區6月24日至7月6日入梅。由於沿江潮位較高，內河排水受阻，形成了洪澇災害的嚴峻局面。秦淮河東山站最高水位10.28m，歷史第三。滁河小橋站最高水位達到11.29米，超過警戒水位1.79米..
由於淤積、圍墾等原因，長江中下遊湖泊面積減少，降低了長江中下遊湖泊的調洪能力，湖泊蓄洪量逐年減少。很多通江湖泊不再與河流相連，河湖被隔離。曾經泛濫的海灘和通道，現在不能泛濫了。再加上河道內障礙物嚴重，河道斷面變窄，洪水出口減少，排水不暢，洪水行進緩慢。而且長江三港(松滋口、太平口、藕池口)對洞庭湖的分流比例已從上世紀50年代的45%下降到25%左右，加大了幹流防洪壓力。