全南縣地貌以山地為主,平均海拔360米。地勢西南高,東北低,中間隆起,將縣城分為南北兩部分。
全南縣屬於亞熱帶季風氣候區,具有“氣候溫和,四季分明,無霜期長,夏無酷暑,冬少嚴寒,日照少,雨水充沛”的氣候特點。大部分地區年平均氣溫在16 ~ 19℃之間,各地氣溫隨海拔升高而降低,以縣內黃田江下遊最高。中央小葉岬和西部邊緣山區最低。