壹夜之後，艾絲蒂爾在格蘭賽爾城的城堡的臥室中醒來，回憶起昨晚發生的事，立刻跳下床沖出臥室。在走廊裏遇到雪拉紮德，然後前往城堡的樓頂，在左下角的塔樓上看到身著軍裝的卡西烏斯，幾句話之後，艾絲蒂爾因約修亞的事生氣跑開了，雪拉紮德走來和卡西烏斯說話……
畫面壹轉，陰沈的天空下著大雨（註意這個雨的效果，非常棒），艾絲蒂爾跑出皇宮，在壹個士兵的提示下，決定回到洛連特的家中找約修亞。
在定期船賽希莉亞號上與巡回神父凱文相遇，壹段感人的劇情之後，和神父壹起回到地方都市洛連特，這時可以和城裏的人們說說話，大家對艾絲蒂爾的歸來都感到高興，但是……約修亞上哪去了？此時還可以和洛連特禮拜堂裏面的教區長迪拜恩對話，回到布萊特家中，可惜約修亞依然不在（本來就走了嘛），然後卡西烏斯和雪拉趕到，之後，小艾決定不惜壹切代價把約修亞帶回來……
序章：少女的決意
在雷曼自治州的盧?洛克爾訓練場，艾絲蒂爾和亞妮拉絲前輩在集訓，訓練完後回宿舍吃飯，吃飯之後上二樓最裏面左邊的房間拿上裝備，註意這時二樓的第壹間房的門是上鎖的。然後下來與克魯茨和亞妮拉絲談話，得到新的導力器（結晶孔增加到7個，總算是完美了），還可以得知訓練內容分為實戰訓練，生存訓練和反恐訓練三部分（此時可以買到利貝爾通訊第1號）。
接下來是去巴斯塔爾水道，這個迷宮比較大，來到這裏開始依然是戰鬥系統說明，連鎖戰技很簡單，比較好用。然後進入水道迷宮。這裏的中間有壹個開關控制左右，先拉到右邊，去右邊的水道，打開機關然後下水路，沿路看到機關只管開就是了，水中有壹個怪物寶箱，水道上有幾個寶箱。接著去中間的水道，左邊水中有壹個怪物寶箱，水道上又有幾個寶箱。繼續前進，進入壹個門裏面，與考官克魯茨戰鬥，戰鬥完後（實戰訓練通過），壹起回到訓練場。
回到宿舍上樓睡覺（回房間睡覺前先買點東西），在半夜聽到槍聲（選擇：馬上起床），獵兵團來襲，下樓和壹個破窗而入拿著劍的獵兵戰鬥（此戰並不太難），戰鬥完之後被女獵兵用煙霧彈迷昏。
醒來時發現來到了生存訓練的營地－聖科洛瓦森林，而身上的裝備全都不見了，這時出現選項選：來襲的獵兵團。在帳篷裏休息可以回復HP.EP，這裏先要在分布在不同地方的6個寶箱中找回裝備（壹定要仔細搜索），迷宮沒有什麽大分支，很好走，過小河後到另外壹邊（有路標的地方），繼續前進就會遇到拿槍的女獵兵，選項選：繼續戰鬥，開始戰鬥，比較強，可以壹人補血壹人打，中間上連鎖戰技。
戰勝後（生存訓練通過）回到訓練場營地，上二樓，在那間之前上鎖的房間的床上找到小說《牌技師傑克》第1卷。然後調查壹樓1.地上的血跡：地上都是血汙；2.工房櫃臺後面的通訊器：通訊器被破壞了；3.料理櫃臺後面的木桶：放食材的罐子空了；4.屋子左上角的木板：好像有什麽東西被撕破了；5.破碎的玻璃窗：窗玻璃碎片散亂著壹地。這時出現選項選：向新的據點轉移了。然後從逃出來的羅伯特口中得知要去反恐訓練基地格林姆瑟爾小要塞救人。
進入要塞（比較大），壹路前進（途中2F會有魔獸突襲），到壹處黑暗並堆滿箱子的房間裏面，先向有壹點燈光的右上方走，進入房間拿到夜視眼鏡。然後裝備上就可以看見了（沒裝備它的角色戰鬥壹開始就會陷入[黑暗]中，這間黑屋子左邊的房間是寶箱，下面是通道，走下面，然後壹路走下去，最後拿到壹個可以[使用]的道具：認證裝置，然後到深處的壹個控制房間中的門口旁邊使用該道具，就可以打開房門。進入房間(有導力回復裝置)，繼續前進，來到最深處的房間裏，選項選：不需要聯絡，之後和壹個拿長槍的獵兵戰鬥（此戰很難!記得要不斷靠近敵人，否則……），戰鬥勝利，劇情開始（原來拿劍的獵兵是庫拉茨前輩扮的，拿槍的是卡露娜前輩扮的，而拿長槍的是克魯茨前輩扮的，壹切都是考試內容……），四位遊擊士前輩終於到齊了（好懷念啊！記得前作中他們連頭像都沒有）……，本章結束。
第1章：潛行的白影
第壹章開始，從訓練場回到王都格蘭賽爾的遊擊士協會向艾南匯報，然後遇見了壹同前來調查的雪拉和阿加特。從艾南處得知柏斯和盧安的支部都發來了求助信息，於是眾人決定分頭行動。這時艾絲蒂爾需要選擇與其中壹人壹起進行調查（我選擇的雪拉，根據選擇的隊友不同事件對話也會不同，而且會壹直跟到第五章）。艾絲蒂爾與雪拉前往海港都市盧安調查關於白色幽靈的事件，而亞妮拉絲與阿加特則前往柏斯。
在飛艇坪給亞妮拉絲和阿加特送行後，兩人來到飛艇公社本部，遇到了***和國的愛爾莎大使和帝國的達維爾大使為了新型導力引擎的事情在爭吵。與穆拉寒暄過後在櫃臺右邊和售票員對話得到：船票（在櫃臺左邊的售貨員可以買到利貝爾通訊第2號），然後和外面接待員對話就可以乘船了。
在定期船林德號上，與乘客們聊聊天打發時間，會遇到幾個熟人（FC中的NPC），並從釣公師團的羅伊德大叔那裏得到釣魚手冊和釣魚竿。在上層客艙和雪拉對話之後下樓梯就會響起飛船到達的廣播。（以後幾章的壹開始在定期船上都需要和每位NPC對話，然後才能繼續發展劇情。）
來到盧安的支部，得知關於白色幽靈***有3條目擊線索，目擊者分別是渡鴉幫的三個成員、艾爾?雷登的士兵和瑪西亞孤兒院的孩子。首先從最近的渡鴉幫開始調查。
在去倉庫的路上又遇到羅伊德大叔，他會教妳釣魚的方法並得到海參×5。釣竿必須搭配魚餌才能使用（誰都知道），以後可以得到各種各樣的釣竿，魚餌則可以從打敗的魔獸身上獲得（當然掉到的魚也會吐出魚餌啦！）。釣魚方法為在有水波紋的地方調查，選擇釣竿和魚餌之後慢慢等，在艾絲蒂爾頭上出現感嘆號的壹剎那按鼠標左鍵，多練幾次就可以掌握。此外在達爾旺賭吧用遊戲幣可以換到《牌技師傑克》2卷。
來到倉庫，渡鴉幫的三位成員顯然還在為之前兩次敗給艾絲蒂爾而耿耿於懷。與他們切磋之後（他們很沒用的）得知目擊者貝爾夫的住處就在市長官邸右邊。去貝爾夫家和他交談後得知白色幽靈的去向。接下來的目擊者在艾爾?雷登關所。來到關所先和哈恩隊長對話說明來意，然後和上層看守卡魯迪亞隧道的士兵尼克斯對話，得知白色幽靈的去向。下樓的時候遇到來觀光的女孩玲的壹家。最後壹條目擊情報在重建的瑪西亞孤兒院，來到孤兒院與特蕾莎院長交談後得知孩子們在瑪諾利亞村的主日學校上課，於是艾絲蒂爾提出去接他們回來。
來到瑪諾利亞村（好風景！），在曾與約修亞壹起吃飯的地方（風車小屋旁）會發生回憶劇情。在村子的風車小屋裏遇到凱文神父在給孩子們講故事，然後自動回到孤兒院。從孩子們口中得知白色幽靈的去向。（這時註意壹下地圖就能看出問題來了吧）。離開孤兒院，凱文神父會同行，不過到盧安之後就離開隊伍了。回到盧安支部，遇到記者組合奈爾和朵洛希。這時盧安兩位市長候選人的支持者們在橋上爭吵起來，眾人趕去勸架。正當矛盾升級的時候某演奏家（大賴皮蛋）乘船華麗登場……爭吵也在愛與和平的演奏中得到平息。
回到協會，分析白色幽靈的所在（選擇：離去的方向），發現離去的方向都指向傑尼絲王立學院！之後奧利維爾與朵洛希（NPC）加入隊伍，眾人立刻前往傑尼絲王立學院。
來到學院，與科洛絲等人重逢（感動ing）。到校長室見過科林茲校長之後到學生會辦公室分配調查任務，艾絲蒂爾與科洛絲兩人負責在學生中調查。與以下三人對話能得到目擊情報：主樓1層人文系教室的米克，2層的巴托姆和女生宿舍2層的芙拉瑟。在禮堂的舞臺上有回憶劇情。三條目擊情報均指向學院的舊校舍。回到學生會辦公室與其他人會合，艾絲蒂爾突然看到窗外有白色幽靈（7494怪盜B的影像啦……^-^）出現而暈倒。醒過來之後得到舊校舍的鑰匙，眾人決定去舊校舍壹探究竟。
使用鑰匙進入舊校舍，按照門上的卡片提示調查大廳樓梯右邊滅掉的火把：虛無之炎、左邊1層第壹個教室內朝南擺得很整齊的課桌：朝南的學生、右邊2層小庭院倒下的石柱：落下的頭，得到古老的鑰匙。打開右邊1層唯壹鎖著的鐵門，進入後調查飛龍的石像來到地下遺跡。
眾人壹進入地下遺跡就受到了魔獸的熱情招待（註意保護好朵洛希，多用大地之障，因為魔獸使用HP超吸收或者趕上K她壹下就掛了）。然後為了安全起見眾人決定把朵洛希留在外面，剩下四人繼續探險。
地下遺跡有不少好東西，在壹開始的岔路先往左下走（以進來時的視角為準），拿完寶箱之後再走另壹邊到第2層（有BOSS）。第2層同樣先往左下走拿寶箱。在最深處遇到執行者NO.X怪盜紳士布盧布蘭（怪盜B），他似乎在用福音做立體投影試驗，幾句話後，他召來了大麻煩。接下來是與學院古代遺跡守護兵器——暴風襲擊者大戰（體積好大！）盡量先把雜魚清除，記得留壹點CP打斷它的技能，否則吃不消。打敗巨大的半人馬機器人暴風襲擊者之後怪盜B用了和戴爾蒙家的封印的寶杖相同的力量將眾人定住，在奧利維爾與怪盜B因為“討論”關於“美”的問題而起爭執的時候，朵洛希及時趕來，（怎麽平安到達的……）對怪盜拍壹張，才化解了危機。怪盜B離去之後眾人也回到協會，本章結束。（前兩章都不長啊……）。
支線任務：
收集食材：（期限：到達盧安～待調查）
收集魔獸之骨、魔獸之牙、魔獸之角(紺碧之塔)、魔獸鳥肉、魔獸鳥蛋、魔獸魚卵各壹個交給瑪諾利亞村白之木蓮亭2樓的奧維德，可以得到獎勵（魔獸羽翼×20）。收集4個以上但是不全的話也可以完成任務（不推薦）。
紺碧之塔的照片拍攝：（期限：到達盧安～待調查）
到旅館1層的101房間和委托人森特說話得到導力相機，然後來到紺碧之塔的塔頂正對著塔頂裝置使用（距離要適當才可以拍攝）。在路的正中間拍攝可以拍到較好的照片（BP+1）。如果等朵洛希加入了再去，可以選擇：『』，壹定能拍出完美的照片（BP+2，米拉＋1000）。然後回盧安交差。
主日學校的講師：（期限：奧利維爾加入～到達王立學院）
到七耀教會給孩子們講課。正確選項如下：
前半：
遊擊士的使命：『確保地區和平和平民安全』
正遊擊士的等級：『G級到A級***7等級』
協會設立時間：『距今約50年前』
最有名的規則：『不幹涉國家權力』
行為準則：『以保護平民為優先』
後半：
成為遊擊士的條件：『16歲以上』
如何處置魔獸：『重視委托人的意願』
抓獲空賊團的是：『王國軍部隊』
保護平民義務是：『協會規約第2項』
埃爾塞尤號規模：『全長42亞矩』
燈塔的試運轉：（隱藏任務，期限：1章~待查）
到巴倫諾燈塔與弗科特老人對話得到委托。然後操縱機械：中間的導力壓和維持裝置，導力壓選LOW（低），維持裝置選LOW（低），然後打開最右邊的啟動開關，然後依次導力源MID（中），維持裝置MID（中），導力源HIGH（高），維持裝置HIGH（高），最後打開最左邊的結晶回路就完成了。最後選擇“還有其他的工作嗎？”可以得到BP獎勵。
通緝魔獸街景林道、阿伊納街道、古羅尼峰、梅威海道。