綜合協調和處理本局的日常工作；對局機關重點工作進行督查督辦；負責文電、機要、檔案、保密、信訪、政府信息公開和內部規章制度建設；承擔局機關重要文件和綜合性文稿的起草工作；管理財務信息、宣傳和新聞發布；負責重要會議的組織和會務工作；負責組織辦理NPC代表議案、建議和CPPCC委員提案；承擔局機關及所屬事業單位的綜合管理、財務和資產管理工作；牽頭組織局機關信息化建設管理工作；負責機關的應急處理和綜合接待；指導市金融協會的業務。
(2)綜合辦公室
參與提出房改政策，管理房改資金和保障性安居工程建設資金；負責國有土地使用權出讓收支管理；負責海域使用費收入的管理；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；參與國有土地、海域等國有資源有償使用政策的研究；負責行政事業性收費的審核和減免收費的審批，參與收費標準的審批；統壹管理全市財政票據；負責市住房公積金管理中心管理費的審批，審核住房公積金年度預算和決算；承擔彩票管理的相關工作。
(3)法規與稅務辦公室
起草地方財稅法規；組織實施稅收法律法規；審查地方性法規草案中的財政、稅收條款；提出稅收政策建議，辦理減免稅、退稅等事宜；開展稅源調查分析，參與稅收政策調查研究；監督檢查稅收法律、法規和政策的執行情況；負責本局規範性文件的管理工作；承擔我局行政應訴工作，規範行政審批和行政處罰自由裁量權；參與本局行政許可和行政處罰的合法性審查；協調和處理法律顧問工作的具體事務；組織全市金融系統法制宣傳教育。
(4)預算辦公室
對財務制度、預算管理制度和長期財務規劃提出建議；負責區級財務制度的預算編制、執行分析和管理；分析預測財政經濟運行形勢，提出運用財稅政策等財政手段促進經濟社會發展的建議；對年度預算的編制提出建議，提出開源節流、平衡財政收支的政策建議；組織編制市本級年度預算草案，匯總全市財政預算；審查和處理市本級預算調整；負責市級本級部門支出標準定額體系建設和項目庫管理；研究建立財政支出績效評價體系和評價體系，牽頭組織實施財政支出績效評價；負責全市對各區的財政轉移支付；負責處理上下級財務結算；負責象嶼保稅區管理委員會和火炬高新技術產業開發區管理委員會的預算和財務管理；指導區級財務工作。
(5)財務部
組織實施行政事業單位總預算會計和會計制度，組織實施國庫管理制度和國庫集中支付制度；負責管理財政收入支付、財政收支和其他相關財政資金分配；負責行政事業單位總預算會計核算和會計管理；負責財務賬目的編制和審核；承擔國庫現金管理相關工作；負責市、區級財政銀行賬戶的管理；指導區級財政總預算會計工作。
(六)行政法律部
承擔行政、政法、城建等部門預算相關工作，制定相關財政政策和財務管理制度；牽頭組織實施行政單位財務制度，制定行政單位財務管理制度；制定行政經費的標準和定額；牽頭制定海外機構編外員工生活標準、費用標準和開支標準；牽頭制定因公出國財務事前審核政策；牽頭制定寫字樓物業費管理相關政策；制定旅遊業和人才的金融支持政策；擬定公務員津貼改革方案並組織實施；承擔商務旅行和會議定點酒店的管理工作；負責會同相關部門審核公務用車編制管理。
(7)教育、科學和文化部
承擔教育、科技、文化創新、宣傳、市政園林、質量技術監督等部門預算相關工作，擬定相關財政政策；牽頭組織實施事業單位財務規則，制定事業單位通用財務管理制度，制定教育、文化、體育等行業財務制度和支出標準；擬定事業單位績效工資改革方案，參與推進事業單位分類改革；承擔市屬國有文化企業的財務管理工作；負責鼓浪嶼-石灣山風景名勝區管理委員會的預算和財務管理。
(8)基本建設和債務辦公室
參與財政投融資政策研究和財政投融資計劃編制；制定基本建設財務制度和基本建設、城市維護項目、政府債務資金的使用管理辦法；提出基本建設和城市維護專項資金支出預算建議和年度預算執行調整意見，並組織實施；負責財政投融資項目資金的審核工作；承擔財政投融資項目竣工財務決算的審批工作；研究提出財政債務計劃和償債建議並組織實施，負責全市政府債務的匯總、統計、監督和管理。
(9)農業部
承擔農辦、農林、水利、海洋與漁業、氣象等部門預算相關工作。，並制定相關的財務政策和財務管理制度；制定財政支農資金管理辦法；管理支農專項資金、對口幫扶資金和糧食等專項儲備資金，管理政策性農業扶貧貼息貸款，統籌安排財政扶貧資金；負責農業綜合開發項目和資金的管理；牽頭起草全市農村綜合改革規劃、方案和政策措施並組織實施，指導和推進農村綜合改革工作；組織全市農村公益事業的債務管理；負責村級“三資”、“壹事壹議”財政資金的管理和農村公益事業建設的研究；參與農村綜合改革涉及的財政轉移支付方案測算和轉移支付資金分配，牽頭管理全市農村綜合改革財政資金；承擔農村綜合改革領導小組辦公室的具體工作。
(10)社會保障部
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等部門預算相關工作，制定相關財政政策和財務管理制度；管理市財政和社會保障、就業和醫療衛生支出；擬訂行政事業單位退休基金和醫療基金的管理和政策；擬訂與退休和企事業單位改革重組有關的財政和社會保障政策；負責社會保險基金預算的綜合管理和監督，組織編制社會保險基金預算草案和決算。
(11)企業辦公室
承擔經濟、信息、環保等部門預算相關工作，制定相關財政政策和財務管理制度；制定支持企業及相關產業發展的金融政策；牽頭制定企業財務制度和企業財務會計報告編制辦法並組織實施，組織實施相關企業會計制度；承擔市屬國有工業交通、市政、房地產企業的財務管理工作，對上述系統企業使用財政專項資金提出建議並負責管理和監督；擬訂市屬國有企業國有資本經營預算辦法，編制上述系統企業國有資本經營預算草案，監督國有資本經營預算的執行；參與制定企業國有資產管理的相關制度；承擔資產評估管理工作。
(12)對外經濟金融辦公室
承擔業務等方面的部門預算相關工作，制定相關財務政策；擬訂有關涉外金融政策並組織實施；負責國有外貿、對外經濟合作、旅遊和境外投資企業的財務監管，負責地方金融企業的財務監管和外商投資企業的財務管理；組織實施相關企業會計制度；參與研究上述系統企業的產業結構調整、企業改革政策和分配政策；編制上述系統企業國有資本經營預算草案，監管國有資本收益；對上述系統企業使用財政專項資金提出建議並負責管理和監督；參與研究設立基金公司，制定地方金融企業財務管理制度；負責地方金融企業國有資產管理，負責市屬國有金融企業國有資產對外投資和擔保的界定、登記和管理，監督其變動，組織實施地方金融企業國有資本績效評價；按規定管理政策性金融業務；承擔政府外債的相關管理工作，按規定管理外國政府貸款(贈款)；負責全市非貿易和非經營性用匯的審批管理。
(十三)會計辦公室
管理全市會計工作；組織實施全國統壹的會計準則體系，制定會計管理的具體辦法；承擔對臺會計合作交流基地的管理，開展海峽兩岸會計教育培訓、資格考試、學術研究等領域的合作交流活動。負責審核確認我市行政事業單位申請設立總會計師或財務總監的單位條件和人員資格，管理和指導我市行政事業單位和企業的總會計師或財務總監工作；管理會計從業資格，按照規定承擔會計專業技術資格管理，管理會計人員繼續教育；負責代理記賬的監督管理；管理會計人員、會計機構及其執業人員誠信檔案，負責發布會計人員、會計機構及其執業人員誠信信息；組織和管理會計信息化；指導註冊會計師協會、總會計師協會、會計行業協會、會計學會、珠算學會的業務；指導和監督註冊會計師、資產評估師、會計師事務所和資產評估事務所的業務。
(14)公共資源監督辦公室
研究全市公共資源配置相關問題，制定公共資源配置相關管理制度，負責推進、指導、管理和監督全市公共資源市場化配置，審查公共資源非市場化配置方式；負責編制公共資源配置目錄，按規定審核公共資源配置目錄的調整；負責市級公共資源市場配置方案的備案和審查，並監督配置方案的實施；負責對市級公共資源配置服務機構的監管；負責受理市級公共資源市場化配置過程中利害關系人的各類投訴，並組織協調相關部門進行處理。
(十五)行政資產管理處
牽頭制定行政事業單位國有資產管理的規章制度，負責組織實施和監督檢查，制定行政事業單位資產配置標準；負責按規定審批資產處置和產權變動，負責組織產權登記、產權界定、產權糾紛調解、資產統計報表、資產評估、資產清查等工作；負責行政單位國有資產出租、出借的審批；按規定權限承擔事業單位利用國有資產對外投資、出租、出借和擔保的審批；負責市級行政事業單位國有資產收益的監督管理；負責組織實施市級行政事業單位國有資產使用效益評價工作；監督檢查本級行政事業單位和下級財政部門的國有資產管理；完善行政事業單位國有資產管理信息系統；承擔市級行政事業單位所屬企業國有資產管理工作；向同級政府和上級財政部門報告行政事業單位國有資產管理工作。
(十六)監督檢查部門
制定全市金融監督檢查的政策和制度；監督財稅法律和政策的執行；承擔會計信息質量監督檢查的相關工作，依法查處違法行為；反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政收支管理的政策建議；監督檢查局機關其他處室執行財政法律、法規、政策、制度和預算的情況，以及監察局下屬單位的財務收支管理情況；監督檢查市財政用於補助地區和鎮政府的專項資金的管理和使用情況。
(十七)政府采購管理辦公室。
組織實施國家政府采購法律、法規和政策；制定政府采購政策法規，編制政府集中采購目錄，監督管理政府采購活動；受理市政府采購供應商的投訴，處理違法行為；按照規定批準政府項目的采購方式；指導區、鎮政府的采購工作；指導政府采購協會的業務，承擔對采購代理機構政府采購業務的指導和監督工作。
(十八)人事部
負責局機關及所屬單位的組織、人員和隊伍建設；制定系統的幹部職工教育培訓計劃並組織實施；負責局機關及所屬單位退休人員的管理工作。
黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。