隨著我國經濟體制改革的不斷推進，市場經濟的建立和完善，經濟發展水平和綜合國力的明顯提高，現行個人所得稅運行機制逐漸暴露出稅制不科學、稅種設計不合理、征管制度不嚴等缺陷，主要表現為:
(壹)分類征稅模式不公平，效率低下。
目前，世界各國將個人所得稅的征收模式分為三類:分類所得征收、綜合所得征收和混合所得征收。中國是典型的分類所得稅。它將納稅人的各類所得按照稅法的規定分別歸類，按照各類所得適用的稅率分別征收，不匯總個人所得。其理論基礎在於納稅人不同的收入反映不同的勞動，需要貫徹區分界定原則。但實際上使納稅人的稅負不公平，征收效率和經濟效益低下。主要表現在:
1，稅負不公平。對不同來源的收入采取不同的征收標準和方法，不能全面、完整地反映納稅人的真實納稅能力。即使是總收入相同的納稅人，由於收入來源不同，稅負也可能不同。比如對儲蓄存款利息恢復征收個人所得稅，由於沒有起征點，使得相當壹部分具有養老金性質的儲蓄存款利息被征稅，壹些高收入人群往往利用“私人資金儲蓄”或進入股市避稅。再者，彩票中獎收入的征稅存在明顯的倒退。因為500萬的大獎和其他獎項(654.38+0萬元但不足500萬元)按照個人所得稅的“偶然所得”項目征收20%的個人所得稅，“稅負不僅在大獎和其他獎項之間，而且在工資、薪金、勞務報酬和其他辛苦所得之間都是累退的[4]”。比如電腦體育彩票65438+萬元，按照現行個人所得稅“偶然所得”征稅，中獎者應繳納2萬元稅款；如果這654.38+萬元按“勞務報酬”計稅，因為有加征的規定，適用40%的稅率，應納稅額為25000元；如果654.38+萬元按照“工資薪金”征稅，40%的稅率為2.9萬元，顯然這種稅制模式不僅難以體現負擔能力原則，而且缺乏橫向公平原則。
2.“以人為本”的人文特征在調節收入分配中沒有得到體現。“當今社會，隨著經濟的高度發展，政府在制定政策時應更多地考慮人的需求，‘以人為本’已成為大多數政府制定相關政策的重要原則之壹[5]”。目前，我國的個人所得稅尚未體現這壹原則。根據我國現行個人所得稅法，工資薪金個人所得稅納稅人是取得工資薪金的個人，不考慮個人養家糊口的實際情況。“舉個例子，如果張三是三口之家，他、愛人、孩子失業或下崗，月收入1200元；李四壹家五口，其他情況也壹樣。唯壹不同的是，家裏有兩位老人。按現行個人所得稅法，張三每月需繳納20元個稅，稅後收入為1180元，人均收入393.3元。交了20元稅，李四人均稅後收入只有236元，相差157.3元。在國外，尤其是個人所得稅制度比較完善的國家，稅前費用扣除壹定要考慮納稅人的實際情況，比如固定家庭費用扣除要按照實際家庭贍養人口計算，此外還要考慮贍養老人和撫養子女的附加扣除、大病住院的附加扣除、教育培訓的附加扣除、購買首套住房的附加扣除等。通過這些扣除，納稅人可以在壹個公平的起點上納稅，避免扣除項目簡化帶來的稅收不公平。
(二)居民納稅人的定義和征收範圍不科學。
1，居民納稅人的定義不科學。在國際上，居民納稅人壹般采用半年(183天)的標準，而在我國，根據其在境內居住的時間長短，分別實行90天規則、1年規則和5年規則。與國際社會相比，我國居民身份制度存在以下問題。第壹，中國的壹年標準過於寬松，使得很多根據半年規則可以確立為居民的個人，在中國充當居民。其次，對於居民身份的變更，即我國居民和非居民身份的變更，沒有明確的規定；第三，在納稅義務的規定上不夠嚴謹和科學。
2.征收範圍窄，造成稅收流失。我國現行的個人所得稅征收範圍是采取列舉項目法，即只對稅法中列舉的項目征稅，沒有列舉的項目不征稅。這種方法表面上看起來清晰明確，但實際上，由於我國個人真實收入貨幣化、記賬化程度較低，很多應稅收入並沒有被征稅，反映出征稅範圍相對狹窄和片面。這種情況主要表現在以下幾個方面:壹是企業通過改變支付方式偷稅漏稅。比如，有的企業直接或間接分配商品，不轉化為個人貨幣收入，所以不納稅。二是企業通過擴大免稅項目範圍偷稅漏稅。有的企業把地方的夥食補貼、住房補貼當成國家統壹補貼，不交稅。第三，企業通過收取不合理的費用偷稅漏稅。企業往往以業務需要為由，為員工承擔或報銷各種費用。第四，企業通過轉換渠道逃稅。企業設立“小金庫”，以“外快”的形式發放給員工。這部分收入和支出沒有入賬，形成了偷稅漏稅。
(三)稅率設計不合理
超額累進稅率最能體現負擔能力原則，在所得稅征收中被廣泛采用。但是，將我國現行的個人所得稅累進稅率與國際上個人所得稅普遍實行的累進稅率相比較，存在幾個問題:
1，更進步的成績。中國的工資薪金個人所得稅稅率是九級超額累進，而發達國家普遍降低累進級別。比如美國的個人所得稅，原來是14，2000年後降為5。與這些國家相比，首先，我國個人所得稅計算復雜，不利於提高稅收的行政效率。其次，等級差距越小，稅率越多，不利於調節收入差距。中國超額累進稅率結構中的後幾個檔次過高。比如第七檔月薪6萬元以上的人大概很少，所以實際上這個稅率是沒有用的，根本沒有起到調節收入差距的作用。
2.邊際稅率很高。我國個人所得稅的邊際稅率為45%，高於發達國家普遍實行的邊際稅率。首先，我國個人所得稅的高邊際稅率不利於調動勞動者創造更高收入的積極性。其次，如果違法被處罰的預期成本不高，高稅率必然會誘發納稅人偷稅漏稅。
3.稅率不統壹。中國的個人所得稅稅率根據所得項目不同而不同。工資薪金適用九級超額累進稅率；個人生產經營所得適用五級稅率；勞務報酬所得適用20%的比例稅率，同時對壹次性收入畸高(2萬元以上)采取附加稅征收方式。這與國際社會普遍實行的統壹個人所得稅稅率完全不同。稅率設計的不統壹是由我國實行的分類所得征收模式決定的，因此也存在不公平和效率的問題。
(四)費用扣除標準不合理
我國現行的個人所得稅費用扣除標準是1993年制定的，工資薪金月費用扣除額為800元。但隨著經濟的發展，這壹標準已不適合我國居民目前的生活水平。主要原因是:近年來，我國收入分配制度和收入規模發生了很大變化，居民收入水平不斷提高。在這種情況下，如果費用扣除標準不變，部分起征點以下的居民也會被納入征稅範圍，從而相對增加居民的稅負。中國的物價水平也有了很大的提高。從1994到2000年，城鎮居民消費價格指數增長29.57%。根據這個物價指數，2000年扣除必要費用應為800×(1+29.57%)= 1036.56元。可見目前800元的扣除標準是比較低的。這也導致壹些低收入者不合理地進入了納稅人的行列。中國居民的實際生活費用上漲了很多。居民支出金額增加了，但扣除標準沒有變化，明顯增加了居民稅負。