根據上述職責，市民政局內設11個職能科室。
（壹）辦公室
協助局領導處理政務工作和機關日常工作；組織擬訂民政事業中長期發展規劃和綜合性文件；負責局重要會議的會務工作；組織協調民政理論研究和宣傳調研活動；組織全市民政系統目標管理的實施與考核評比工作；負責督查、督辦工作；負責政府信息公開和政務公開工作；承辦局機關公文運轉、檔案管理、辦公自動化、機要保密、安全保衛、後勤保障和計劃生育工作；承擔局機關相關規章制度和有關規範性文件的合法性審核工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作；負責局系統綜治維穩和安全檢查工作；負責協調人大代表建議和政協委員提案辦理工作。
（二）信訪辦
擬訂全市有關民政信訪維穩工作的政策；負責群眾的來信、來電、來訪事項；負責協調處理有關民政的集體訪、異常訪和突發信訪事件；組織開展信訪問題排查化解、信息匯集分析、人民建議征集、信訪督查督辦等工作。
（三）財務審計科
組織編報並落實民政系統部門年度預算、決算；擬定全市民政事業經費管理辦法和財務制度；承辦民政事業經費、行政經費及上級下達的各項專項經費的管理使用；檢查監督民政事業費的使用管理；承辦全市民政系統民政事業統計工作；督促落實全市民政會計電算化建設工作；負責指導系統財務人員的業務指導培訓工作；負責機關財務工作；負責管理局直屬單位的財務統壹核算工作；指導局直屬單位的國有資產管理工作；依法負責全系統的民政專項經費和局直屬單位民政事業經費的內部審計工作；負責全市民政統計管理工作。
（四）民間組織管理科（九江市民間組織管理工作領導小組辦公室）
指導和監督縣（市、區、山）對社會團體、民辦非企業單位的管理工作；承擔省民政廳委托管理的全省性社團、民辦非企業單位及其分支機構的監督管理；負責全市性社團、民辦非企業的年檢工作，並按照管轄權限進行執法監察；承擔民間組織檔案管理、信息管理工作。
（五）優撫科（九江擁政愛民擁軍優屬工作領導小組辦公室）
擬訂本市撫恤、優待工作政策規定並組織實施；指導各類優撫對象和部分軍隊退役人員的優待、撫恤、補助、醫療和國家機關工作人員的傷亡撫恤工作；承辦殘疾軍人和國家機關工作人員的殘疾等級評定、調整的審核報批工作；承辦革命烈士褒揚和追認革命烈士的審核報批工作；指導優撫事業單位和烈士紀念建築物的管理工作；負責處理部分軍隊退役人員信訪突出問題；開展並指導縣（市、區、山）“雙擁模範城（縣）”創建工作；研究提出全市雙擁工作規劃和計劃，指導基層雙擁服務組織開展軍民***建活動；協調處理軍地關系中的問題；承擔市擁軍優屬擁政愛民工作領導小組的日常工作。
（六）安置科（九江市復員退伍軍人和軍隊離休退休幹部安置領導小組辦公室）
負責全市退伍義務兵、復員（轉業）士官、復員幹部的接收安置工作；研究提出復員退伍軍人安置的有關意見；負責市級退伍安置保障金的管理和使用；指導退役士兵的自主創業和職業技能培訓工作；負責協調軍隊離（退）休幹部和軍隊無軍籍退休退職職工的接收安置和服務管理工作；督促軍隊離（退）休幹部的政治待遇和生活待遇的落實；分配國家下撥的軍隊離（退）休幹部管理機構的人員經費；指導軍供站、軍隊離退休幹部休養所的服務管理工作；承擔市復員退伍軍人和軍隊離（退）休幹部安置工作領導小組辦公室的日常工作。
（七）救災救濟科（九江市減災委員會辦公室、九江市救災捐贈領導小組辦公室）
組織協調救災工作；研究提出抗災、救災救濟的工作方案；負責災情的核查、統計、上報；管理、分配並監督使用救災款物；指導災區重建和生產自救；組織實施農村困難群眾住房救助；承辦國內外救災捐贈款物的接受、分配、管理和監督工作；組織、指導全市經常性社會捐贈工作；研究擬訂全市減災救災工作方針、政策和規劃，組織開展重大自然災害減災救災活動；指導協調各縣（市、區、山）和有關部門開展減災工作，推進減災國內交流與合作；負責全市減災信息管理工作；負責全市減災救災信息交流與合作、技術支持、救災捐贈和救災物資儲備管理等。
（八）基層政權和社區建設科
擬訂全市城鄉基層群眾自治建設和社區建設有關政策措施；研究提出加強和改進城鄉基層政權建設的建議；依法指導村（民）自治示範活動和村（居）民委員會換屆選舉工作，推行村（居）務公開，推進基層民主政治建設；組織指導村（居）民委員會成員的培訓工作；指導全市城鄉社區建設和社區服務體系建設，推進社區建設工作；研究提出全市城鄉社區建設工作發展規劃和工作計劃，擬定推進城鄉社區建設的有關政策措施，組織指導城鄉社區幹部的培訓工作，監督社區建設經費的使用和管理，指導城鄉社區服務體系建設，承擔市城鄉社區建設領導小組辦公室的日常工作。
（九）區劃地名科（九江市邊界管理辦公室）
擬訂全市行政區劃、地名管理政策和行政區域界線管理辦法，承辦市、縣（市、區）、鄉（鎮、街道）的設立、撤銷、調整、更名和界線變更及政府駐地遷移的申報工作，組織實施鄉（鎮、街道）邊界線的勘定工作；負責行政區域界線的維護和管理工作；承辦行政區域界線爭議的調處，提出仲裁建議；承辦鄉（鎮、街道）以上行政區劃名稱、轄區重要的自然地理實體名稱、市城區主要道路（含廣場、公園、橋梁、大型建築物等）名稱的命名、更名的申報；負責設置和管理地名標誌，推行標準地名的使用；負責全市標準地名資料的編輯和審定、收集、整理和鑒定地名檔案。
（十）社會福利和慈善事業促進科
擬訂全市社會福利事業發展規劃、政策和社會福利機構管理辦法並組織實施；負責社會福利機構的行業管理和社會辦福利機構的執業資格認定及年檢工作，並協調落實社會福利企業政策；負責社會福利企業與境外合資、合作舉辦社會福利機構的報批工作；指導有關福利機構對“三無”對象和棄嬰的收養工作；落實孤寡老人、孤兒等特殊困難群體權益的保護工作；主管全市福利彩票發行工作，負責全市福利彩票公益金的管理、使用和監督工作；承擔本級福利彩票公益金資助項目評審的日常工作；指導和推動社會化養老工作，管理監督老年基金；指導制定全市慈善救助事業發展規劃和年度工作計劃並組織實施，指導縣（市、區、山）開展慈善救助工作，監督慈善基金的管理和使用。
（十壹）社會事務科
負責全市殯葬管理工作，制訂全市殯葬事業發展長遠和近期目標，規劃殯葬服務設施的整體布局；指導和監督全市實施國家有關殯葬管理法律、法規，推進殯葬改革，倡導文明喪葬習俗工作；指導殯葬事業單位的建設和管理工作；指導對城市生活無著流浪乞討人員救助管理和流浪未成年人救助保護工作；指導全市收養登記管理工作，呈送華僑及居住在港、澳、臺地區的中國公民在我市的收養登記和涉外送養報批工作；指導全市婚姻登記管理工作，宣傳婚姻法規。
機關黨委（人事科、社會工作科、行政許可服務科）。
負責局機關的黨群工作和局機關離退休幹部工作；承辦局機關和局系統直管幹部的考核、任免、獎懲及其人事檔案管理工作；承辦黨員教育管理工作；負責局系統人事編制、勞動工資、社會保障等方面的工作；指導局機關和所屬單位的工、青、婦等群團組織的工作。會同有關方面按規定擬訂全市社會工作發展規劃，推進全市社會工作人才隊伍建設和相關誌願者隊伍建設。
紀檢組（監察室）。為市紀委（市監察局）的派駐機構。