相傳該村蘇、張、劉、範、趙5姓最早，年代不詳。現蘇、張、範3姓無後，劉姓遷回山西，趙姓曾是村內多戶，現有20多口人。現李姓200人。陳姓清初從陳家樓遷此建村時，因早有人居，且地處“老路溝”、“宅科溝”匯合處，是步行客商去濟南、章丘、泰安的必經之地，當地曾有多家宿店，又村在面山的南面，遂稱為“南店子”。
明清時屬水南保；民國初屬水北區公安鄉；1941年屬香山區；1945年屬十三區；1958年屬大槐樹鄉，10月，鄉改公社；1959年屬大王莊公社；1984年屬大王莊辦事處；1987年屬大槐樹鄉；2001年屬大王莊鎮。
解放後，特別是改革開放以來，南店子村發生了巨太變化，經濟、文化、村莊建設均得到了長足發展。
1965年至1966年，南店子人在支部壹班人帶領下，用兩年多的時間，完成了村北杏樹峪下的水庫建設，水庫壩高36米、長120米、寬50米、封頂8米，可容水30萬方。從20世紀70年代至90年代中期，村內又先後在村北溝、村東公路東邊山溝修容水6萬方的小水庫2座，建揚水站2座，攔河截流3處。經過30年的努力，南店子村的可耕地全部變成了旱澇保收的水澆田，為經濟發展打下了重要基礎。
1998年秋冬季節，村內投資7.5萬元，村民又集資4.6萬元，在村東山坡上建造了容水200多方的蓄水池壹個，鋪設地下輸水管道7500米，購買大型潛水泵壹臺，完成了全村的自來水工程，極大地方便了村民生活，得到了村民們的壹致好評。
同年，為了方便交通，發展村內經濟，村支部、村委壹班人經過反復考查，決定從道窪村後至村北修壹條800米長、8米寬的沙石路。經召開村民大會反復動員通過後，歷時2個多月，完成了路面平整、邊溝整理、拆遷戶安置等各項任務。村中東西大街原是沙子路，再加上坡度較大，雨季大水壹沖，路面就坑坑窪窪，不便行走。為解決這壹難題，村兩委征求廣大村民意見後，又帶領全村村民投工近萬個，投資4萬多元，用時壹個多月，從大宅路往西鋪設水泥路200米、寬6米，在村南邊泥濘路段改鋪了長50米、寬6米的水泥路。現在大小汽車可直通村內，村民不出村就可以坐上去萊蕪的班車了。
南店子村壹向重視教育，特別是陳佃海任支書以來，在村北建起了標準化程度較高的學校壹處。1992年至1997年，先後投資近8萬元，用於校舍及室內配套。近幾年來，南店子村的教育水平有了顯著提高，人才輩出。1998年以來，先後有陳秀峰考入吉林大學，現攻讀研究生；陳秀慶在淄博工程學院讀本科；李國營在黑龍江佳木斯大學讀本科。李延亭的兩子壹女均為大學生，李宏延自修大學醫學，李宏東是泰安市律師事務所律師，現在清華大學讀博士生，李翠華接班後考入南京金陵職工大學，畢業後在萊蕪自來水公司工作，陳良吉畢業於山東工學院，是原泰安拖拉機廠黨委副書記、高級政工師。
南店子村附近有山東香山國際旅遊度假區、萊蕪龍山、房幹生態旅遊區、萊蕪戰役紀念館、雪野航空科技體育公園等旅遊景點，有萊蕪黑豬、萊蕪豬、萊蕪黑兔、萊蕪吉山黑雞、萊蕪生姜等特產。