省會所在地的市人民政府不設港口綜合管理部門，其港口綜合管理工作由省港口綜合管理部門負責。第五條港口綜合管理部門的職責:
(壹)貫徹執行國家和省有關港口管理的法律、法規；
(二)制定並組織實施口岸開放規劃和計劃，組織口岸開放和關閉的驗收和審查；
(三)會同計劃、規劃等部門編制並組織實施口岸查驗基礎設施新建、擴建和技術改造規劃和計劃；
(四)組織協調國際航線的開辟，審批臨時航班(包括包機)，協助審批外國籍車輛在非開放口岸的臨時入出境；
(五)主持港口外貿運輸計劃的平衡和港口集疏運工作；
(六)負責進出港澳集裝箱車輛的管理；
(七)監督檢查口岸查驗單位按照各自職責對出入境人員、運輸工具、貨物、行李、郵件進行查驗、檢查、檢疫和監管；
(八)協調處理或裁決港口單位之間影響港口正常運行的爭議；
(九)按照省人民政府的有關規定，管理港口管理費的征收和支出，實行收支兩條線，專款專用；
(十)組織口岸單位對員工進行涉外政策、紀律、法律和國家安全教育；
(十壹)依法處罰違反港口綜合管理的單位和個人；
(十二)人民政府交辦的其他事項。第六條各港口單位應當服從港口綜合管理部門的組織、協調、監督和仲裁。第二章口岸的開放和關閉第七條新建港口、碼頭、機場、集裝箱裝卸場(站)和有口岸的老口岸擴建項目進行可行性研究和規劃總體建設方案時，項目主管單位必須通知口岸綜合管理部門參加。第八條口岸查驗基礎設施建設(指辦公室、生活用房和輔助用房，不包括查驗設備、儀器等。)由港口綜合管理部門會同規劃計劃部門按照集中辦公、方便貨主的原則統壹規劃建設。
口岸查驗基礎設施的總體規劃和建設計劃應當納入口岸、機場、車站等對外開放主體工程的總體規劃和建設計劃，與主體工程同步建設。第九條國家投資新建口岸的口岸查驗基礎設施建設資金按照國家有關規定解決。非國家投資新建口岸應當本著誰投資、誰管理、誰受益的原則，口岸查驗基礎設施建設資金由建設和經營口岸的單位解決。第十條口岸的設立按照下列程序報批:
(壹)壹類口岸由市、縣、自治縣地方人民政府向省人民政府提出申請，經省人民政府同意後，報國務院批準。
(二)二類口岸由市、縣、自治縣地方人民政府報省人民政府審批。第十壹條申請設立口岸應當提交下列文件:
(壹)口岸開放可行性研究報告；
(二)口岸檢驗機構的組織機構和人員編制計劃；
(三)口岸查驗基礎設施建設規劃、投資預算及資金來源報告。第十二條口岸應當經接受機關對其交通基礎設施、安全設施、通訊設施、口岸查驗基礎設施、口岸查驗單位的組織和人員配備等進行驗收後，方可正式對外開放。
新開壹類口岸由省級口岸綜合管理部門組織初驗後，報國家口岸綜合管理部門驗收。
新開二類口岸和壹類口岸擴建項目、貨主碼頭、漁業碼頭、船廠等。位於開闊水域的，應當由省港口綜合管理部門驗收。第十三條口岸的關閉應當由原申請機關報批準機關審批。在特殊情況下，審批機關可直接下令關閉。