按照樞紐和車站的分工，南寧東站發送旅客量分別為3300萬人和4800萬人，最高聚集人數將達到1萬人以上。南廣、柳南、桂南、南充、秦楠、南昆等多條高鐵在南寧東站交匯，成為廣西最大的高鐵站。
南寧東站站房由地上站臺層、高架進站層和地下出站層三層組成。采取“上下車”的模式，即“線上候車，線下下車”:車輛通過高架橋引至高架入口層東西兩側，乘客下車後直接進站；該建築共三層，地上兩層，地下壹層。候車大廳設置中央空調，各站臺及南北進站大廳設置自動扶梯、自動扶梯、自動扶梯供乘客進出站。