現分析如下：
（壹）對會計電算化的重要性認識不足
目前，許多企業還未充分認識到會計電算化的意義及重要性。首先，許多中小企業企業領導者對會計電算化存在片面認識，認為會計電算化只是會計核算工具的改變，看不到其對會計職能、企業管理方法和管理流程的深刻影響，有的領導甚至認為會計電算化只是用計算機代替賬冊，僅把會計電算化當作樹立企業形象的壹種手段。[6]其次，在會計電算化的具體應用中，多數中小企業缺乏對手工系統進行充分分析的意識，沒有針對本企業自身的管理要求和運行模式，對會計信息系統進行相應的設置和調整。
（二）缺乏進行會計電算化操作的專業人才
缺乏進行會計電算化操作的專業人才成為中小企業快速實現會計電算化的障礙，作為壹個綜合性的財會專業人才，需要具備計算機、會計、管理等多方面的專業知識，實現從滿足手工會計的需要到適應會計電算化普及的過渡。目前，中小企業會計人員素質偏低，難以滿足信息時代電算化處理的要求。許多單位的電算化人員是由過去的手工會計、出納等經過短期培訓而來，他們在使用微機處理業務的過程中大多數是除了開機使用財務軟件之外，對微機的軟硬件知識了解不多，不能靈活運用軟件處理的會計數據進行財務信息的加工處理。當計算機運行出現問題時，計算機維護人員又大多是計算機專業出身，對財務知識又不甚了解，所以不能夠把計算機知識和會計等財務知識融合在壹起。
（三）會計電算化下的財務信息存在安全問題
財務數據是企業的秘密，在很大程度上關系著企業的生存與發展。在會計電算化環境下，電子符號代替了會計數據，磁介質代替了紙介質，財務信息面臨安全風險。目前，我國的財務軟件生產還處於模仿和加工階段，沒有形成壹定的產業規模，多數財務軟件的開發都是把重點放在理財和提供多功能管理和決策上，很少放在數據的安全保密上。[9]隨著網絡經濟時代的到來，在給企業帶來無限商機的同時，網絡財務面臨的最突出問題就是安全問題。網絡下的會計信息系統很有可能遭受黑客或病毒的侵擾，很多企業沒有針對網絡環境來建立和完善相應的會計電算化安全防範措施，壹旦發生問題將給企業造成巨大的損失。
（四）會計電算化的基礎管理工作存在漏洞
許多會計電算化單位沒有嚴密的基礎管理工作制度。首先，在人員分工上，企業對會計電算化操作人員與系統維護人員等崗位沒有嚴格權限限制措施，操作員密碼公開或不設密碼，為越權使用和篡改數據留下隱患。特別是中小企業內部控制十分不完善，使得會計電算化不能正常健康運轉。[11]其次，從檔案資料管理上，許多單位對存儲會計檔案的磁盤和會計資料未能及時歸檔，已經歸檔的內容不完整，導致不少的會計檔案被人為破壞和自然損壞，以至於造成企業財務信息泄密。
（五）會計電算化重視賬務處理忽視管理應用
會計電算化的運用可以極大地發揮電子計算機的計算與分析功能，但是，由於受我國傳統的手工會計工作主要是事後核算的影響，我國實行會計電算化的單位大多存在著重視報賬功能忽視管理功能的現象。就目前中小企業企業會計電算化的應用現狀來看，會計電算化的使用還停留在記賬、算賬水平上，並沒有應用到中小企業全面管理活動中，也可以說會計軟件只是實現了它的會計功能，並沒有實現它的管理預測和分析功能。