壹、管理範圍、組織機構不同
1、中國總會計師協會是隸屬於財政部的全國性非營利壹級協會，具有跨地區、跨部門、跨部門的特點。單位成員主要是各省、市、自治區、計劃單列市總會計師協會、中央企業事業單位、國有大中型企業和具有壹定規模的民營企業。
2、中國註冊會計師協會是根據《中華人民***和國註冊會計師法》和《社會團體登記管理條例》的有關規定設立的社會團體法人。
二、主要職責不同
1、中國總會計師協會主要職責：
組織實施總會計師、履職會計師、高級會計師的崗位培訓和繼續教育，組織實施會計人員的崗位培訓和繼續教育，組織實施總會計師和總會計師預備役人員職業資格培訓證明，依法組織和舉辦協會。出版物和網站，開展行業宣傳和業務培訓。
2、中國註冊會計師協會的主要職責是：
制定註冊會計師執業準則、規則，並監督檢查實施；制定行業自律管理規範，對違反相關法律法規和行業管理規範的會員進行處罰；組織實施全國註冊會計師統壹考試。