1、內部控制的範圍擴大
在傳統會計的條件下，會計內部控制主要針對經濟業務處理，通過憑證傳遞程序，規定每個工作點完成的任務，並在傳遞程序中選擇控制點進行內部控制。由於電算化信息系統的開發、運行、維護是壹個復雜的系統工程，所以電算化會計下的內部控制還要包括系統開發過程的控制、軟硬件環境控制、安全保密控制、會計軟件維護控制以及電算化會計信息系統使用過程中的數據輸入、處理、輸出的正確性控制等，會計電算化擴大了會計內部控制的範圍。
2、內部控制制度發生了變化
會計電算化改變了原有的會計組織體制，會計工作組織和崗位發生了很大變化。原來根據會計事務的性質設置的各業務核算組已經被撤銷，與之相聯系的各崗位之間的職權分離、相互制約的牽制制度也發生了改變或不復存在。大中型企事業單位新設置的會計部門由總會計師、數據準備組、操作維護組、財務管理組、會計檔案組和系統開發組等組成。其中，財務管理組是電算化會計系統的核心部門，崗位劃分比原來更細，並提高了財務管理要求。所以在電算化會計條件下，必須構建內部牽制制度。
3、數據存儲介質的變化對會計內部控制產生了影響
在電算化會計條件下，會計數據和信息以電磁信號的形式存儲在磁性介質中，是肉眼無法看見的，存儲在磁性介質上的數據極易被篡改、破壞，甚至銷毀，而且不會留下任何痕跡和可審計線索，這就使得對機內數據和信息的保護變得尤為重要。原來的劃線、簽章更正錯賬的方法已不能使用，而且已記過賬的憑證不允許直接修改，只能采用憑證沖銷的方法。會計數據要定期備份並妥善保管，防止計算機系統故障或受到破壞而造成會計數據丟失。同時，由於數據存儲的非直接可見性，使不懂計算機技術的人很難接近和修改會計數據，因此電算化會計條件下對人的控制要集中在對會計信息系統內部人員的控制上。
4、內部控制的形式和重點發生了變化
會計電算化使會計內部控制的形式發生了變化，壹些傳統的內部控制形式已無存在的意義，如科目匯總、試算平衡、賬賬核對、賬證核對等。由於會計核算工作全部由計算機完成，整個處理過程分為數據輸入、處理和輸出三個環節，從輸入會計憑證到輸出會計報表，可以壹氣呵成。如果系統安全可靠，沒有非法操作收稿日期、修回日期或計算機病毒的破壞，是不會出現賬賬不符、賬證不符、試算不平衡現象的。所以數據正確性控制的重點轉移到了數據輸入環節。同時，計算機的應用也給我們提供了先進的控制技術，使內部控制的許多方法和措施可以利用計算機程序進行控制，如數據正確性的校驗、操作權限控制等。計算機控制比人工控制更嚴格、更可靠，它可以克服人工控制的隨意性。總之，在電算化會計條件下，會計內部控制方式已部分地被計算機所取代，由人工控制轉移為人機控制。
5、網絡財務的應用和發展給會計內部控制提出了新問題
隨著網絡技術的發展及其在經濟領域的應用，網絡財務也迅速發展起來。網絡財務不僅使會計核算從事後變為實時，而且使財務管理從靜態走向動態，從財務部門走向整個企業，走向企業外部，極大提高了財務管理效率。目前的網絡財務軟件的功能主要包括網上采購、網上銷售、網上支付、網上結算、遠程報賬、遠程財務控制、遠程報稅、遠程報關、遠程審計、在線資金調度、異地轉賬等。網絡財務使會計介質全面發生變化，出現各種電子單據，如各種發票、結算單據等。在新的形勢下如何加強這些功能的控制是會計內部控制必須面對的新問題。