1、 有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權利、義務缺少明確的規定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責任。因此在選擇代賬公司的時候，企業就要更加謹慎。
2、個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質（市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等），發生問題可以回避責任，損害委托單位的利益。這也是小企業在選擇代賬服務公司時必須要註意的事項。
3、 財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。
4、 會計資料交接麻煩、不夠規範。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續，發現遺失或毀損時無法查找。
5、代理記賬單位通常是定期或定時上門服務，日常業務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業務