1.機電信息學院:成立於2006年，開設機械設計、制造及其自動化、電氣工程及其自動化、通信工程、電子信息工程、車輛工程、汽車服務工程6個本科專業，數控技術、汽車檢測與維修技術、移動通信技術、機械制造及其自動化、電氣自動化技術5個專科專業。目前，河南省有2個省級品牌專業建設點，1個省級綜合改革試點專業，1個省級重點學科培育學科，1個虛擬仿真實驗教學項目。
2.經管學院:設有經濟學、國際經濟與貿易、會計學、財務管理、審計學、市場營銷學、物流管理、人力資源管理、電子商務9個本科專業和會計學、財務管理、市場營銷學、物流管理、人力資源管理、電子商務6個專科專業。經濟學、市場營銷、人力資源管理實行雙學位教育。會計學、財務管理、物流管理、市場營銷是河南省民辦高校品牌專業的建設點。學院與省內外知名企業有著廣泛的聯系，建設了26個穩定的校外實習基地。
3.外國語學院是商丘大學最早的院系之壹。分校逐步形成了壹支結構合理、素質過硬的教師隊伍。現有教師60余人，博士生導師2人，碩士生導師10人，副教授10人，講師40人，外籍教師2人。學院承擔專業英語、商務英語、大學英語的教學，還承擔英語專業四八級、大學英語四六級、國際日語水平考試的組織和輔導。專業設置分為英語專業(本科)和商務英語(專科)。