政府會計制度改革最大的創新是建立預算會計和財務會計適度分離又相互銜接的政府會計核算模式。該制度具有預算會計和財務會計“雙功能”核算體系， 分別采用收付實現制和權責發生制“雙基礎”核算模式，生成“雙報告”——決算報告和財務報告，既能反映政府會計主體的預算執行信息，又能反映其整體財務狀況、運行情況和現金流量信息。
“雙功能”即新制度下政府會計主體的會計核算具備財務會計與預算會計的雙重功能。新制度設置了相對獨立的財務會計與預算會計的會計科目體系，其中財務會計總賬科目 77 個，預算會計總賬科目 26 個。通過“5+ 3”的會計要素進行核算，財務會計核算政府會計主體的資產、負債、收入、費用、凈資產，會計記賬遵循“資產- 負債 = 凈資產”的會計等式。預算會計核算政府會計主體的預算收入、預算支出和預算結余，會計記賬遵循“預算收入- 預算支出 = 預算結余”的會計等式。
“雙基礎”即政府會計主體的財務會計核算實行權責發生制，預算會計核算實行收付實現制。對於納入部門預算管理的現金收支業務，在采用財務會計核算的同時應當進行預算會計核算；對於其他業務，僅需進行財務會計核算。“雙基礎”的核算模式很好地解決了原制度下收付實現制難以完整核算政府會計主體債權債務情況以及固定資產和無形資產新舊程度的難題。
“雙報告”即政府會計主體應當按照規定編制財務報告和決算報告。財務會計核算的信息生成以權責發生制為基礎的財務報告，預算會計核算的信息生成以收付實現制為基礎的決算報告。財務報告反映政府會計主體的財務狀況、運行情況和現金流量情況，決算報告反映政府會計主體的預算執行情況。“雙報告”的財務信息可以滿足各級人大及人大常委會、債權人、各級政府及有關部門、政府會計主體及其他利益相關方等報告使用者進行決策、監督和管理的需要。原制度下會計核算信息只能生成以收付實現制為基礎的決算報告，反映的財務信息不夠全面，不能滿足相關報告使用者的需要。