當企業獲得專為特定用途設計的財政撥款時，應當通過"專項應付款"科目進行會計處理。這個科目用於記錄政府作為出資人投入的企業專項或特定用途的資金。專項應付款科目可以根據資本性投資項目進行詳細記錄。在實際操作中，企業收到撥款時，會計分錄為借記"銀行存款"，貸記"專項應付款-科研經費"。
當科研項目完成後，如果需要核銷的部分，需要經過審批後，借記"專項應付款-科研經費"，貸記相應的費用或成本科目。對於撥款結余，如果需要退還，借記"專項應付款-科研經費"，貸記"銀行存款"。如果結余不需退還，這部分資金則會轉為企業的資本公積，借記"專項應付款-科研經費"，貸記"資本公積"。
專項應付款科目期末如果表現為貸方余額，意味著企業還有尚未轉銷的專項應付款。這個科目余額反映了企業對政府專項撥款的管理和使用情況。在財務報表中，這些處理方法有助於清晰地展現企業的財務狀況和資金流向。