1.辦公室
制定局機關和系統的年度工作計劃和長遠發展規劃,處理局機關日常事務,起草和審核有關文件和報告;負責會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作;負責稅務宣傳;制定辦公室規章制度;指導辦公自動化;辦理NPC代表和CPPCC委員的建議;協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策法規司
進行稅務調查研究;研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題;制定綜合稅務業務的規章制度;負責稅務業務和法律事務的協調;監督檢查稅收法規的執行情況;承擔稅收法規的清理、認定和匯編工作;承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證;辦理稅務行政訴訟和行政復議。
3.流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的征收管理和稅收征管業務;貫徹執行流轉稅法律法規,並監督檢查執行情況;制定流轉稅征收管理的具體實施辦法;管理增值稅專用發票;負責增值稅防偽稅控系統的推廣和管理;負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的日常稽核檢查。
4.所得稅管理辦公室
負責企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅等稅收的征收管理和稅收征管業務;負責稅收具體問題的解釋和處理;負責制定所得稅征收管理的具體實施辦法;負責組織企業所得稅的日常檢查;負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
5.收藏管理處
組織實施稅收綜合征收管理的法律、法規、規章和措施;組織實施稅源管理和納稅服務;負責稅收征管質量評估;負責收集和管理文件、檔案的管理;負責增值稅防偽稅控系統以外的稅收征管軟件和稅控工具的推廣應用;負責個體工商戶和集貿市場的稅收征管;負責普通發票管理系統的建設;負責普通發票印刷企業的管理;負責企業自印發票的審批、審核和上報。
6.財務管理辦公室
負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理;制定各項管理制度;組織內部審計和政府采購。
7.規劃和統計司
負責稅收計劃管理、稅收核算、統計和信息數據分析與匯總;承擔納稅人納稅申報信息的集中處理和統壹核算,組織核對稅款的收付和退還;負責稅源數據的調查計算、稅收分析和重點稅源監控;負責稅務憑證使用的監督檢查。
8.進出口稅收管理
負責進出口稅收政策和管理措施的實施、日常監督檢查;負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算;負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護;配合相關部門組織實施反騙稅檢查。
9.人事部
研究和實施人事管理制度;負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理;負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查,按照管理權限負責領導幹部出國(境)離任審計和政審。
離退休幹部辦公室(副處級,隸屬人事部)。負責離退休幹部的管理和服務工作,指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
10.教育部門
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設;負責教育和培訓的管理;負責本系統工會、青年和婦女工作;負責稅務培訓機構和教育經費的管理。
11.監督辦公室
負責對本系統各級國稅機關及其工作人員執行黨和國家的路線、方針和稅收法規的情況進行監督檢查;負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作;負責執法監督和整改工作;負責管理幹部信訪、違法違紀案件和系統內重大案件的查處。
政府黨委辦公室。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年和婦女工作;負責局機關的思想政治工作和黨群工作。