1、收入確認的原則不同。會計核算的主要目的是向管理者、投資者、債權人和潛在的投資者全面、真實、準確地反映企業的財務狀況、經營成果及財務狀況的變動情況。因此，會計核算要遵循客觀性原則、實質重於形式的原則和謹慎性原則，註重收入實質性的實現，而不僅僅是收入法律上的實現。
稅法的目的是對納稅在壹定時期內所獲得的經濟收入進行測定，從而對此課征壹定量的稅收，以保證國家的財政收入，滿足政府實現經濟和社會職能的需要。因此，稅款的征收要遵循法律性原則和確保收入的原則，註重界定和準確計算應納稅額的計稅依據。
2、收入確認的條件差異。會計制度規定，收入確定的基本條件包括經濟利益流入的可能性和收入計量的可靠性。而稅法應稅收入確定的基本條件則根據經濟交易完成的法律要件是否具備，是否取得交換價值，強調發出商品、提供勞務，同時收訖價款或索取價款的憑據。
3、會計收入與分稅種的應稅收入不同。會計制度為便於不同行業會計信息的比較，按經濟業務的性質劃分會計收入，包括主營業務收入、其他業務收入、營業外收入、投資收益等。而各個流轉稅和所得稅的應稅收入與會計收入不對稱，不同企業的主營業務收入會涉及不同稅種的應稅收入，如工業企業和交通運輸企業的主營業務收入分別繳納增值稅和營業稅。因此，企業會計核算時，按會計分類確認並計量會計收入，納稅時，按照各稅種的應稅收入的規定計稅。
4、收入確認範圍的不同。會計制度對銷售商品收入、提供勞務收入、讓渡資產使用權收入提出了明確的確認標準。稅法規定，企業應在發出商品、提供勞務，同時收取價款或者取得收取價款的憑據時，確認收入的實現。可見，稅法確認的收入範圍要大於會計制度確認收入的範圍。稅法確認的應稅收入不僅包括會計收入，還包括會計上不做收入的價外費用及視同銷售。
5、收入確認時間的不同。會計制度規定只要符合會計上的確認收入的條件，當期就要確認收入。稅法上壹般在納稅申報表中反映確認應稅收入，對應稅收入的時間區分不同的稅種做出不同的規定，增值稅、營業稅、消費稅和企業所得稅都分別規定了應稅收入的確認時間。同時在同壹稅種下，應稅收入的確認還要區分不同的交易性質。
6、收入確認選擇方式的不同。我國企業會計制度，允許企業選擇自身的會計政策和會計方法，允許會計人員對收入的確認做出職業上的判斷。但稅法在確認收入時，要求納稅人必須嚴格遵守稅法的相關規定，會計處理方法與國家有關稅收規定有抵觸的，應當按照國家有關稅收的規定計算納稅。同時，稅務會計的處理方法壹經確定，不得隨意變動。