法務會計與司法會計的區別表現在：執行人立場不同、目的不同、執行主體不同、結果不同。
1、執行人立場不同
司法會計執行人是站在獨立的向法律負責的立場上鑒定證據。
法務會計是站在為當事人（通常是作為被告的會計師事務所）服務的立場上，提供有利於自己當事人的證據。
2、目的不同
司法會計的目的是鑒定司法活動所需證據，以使訴訟活動得以順利進行。
法務會計的目的是提供會計學證據，有利於自己的當事人，並作為減輕或免除責任的辯護。
3、執行主體不同
法務會計壹般由註冊會計師來執行。
司法會計的實施主體可以是司法機關設置的司法會計專職人員，也可以是受聘於司法機關從事司法會計工作的人員。
4、結果不同
司法會計工作的結果是出具具有法定證據效力的司法鑒定書。
法務會計工作的結果是向法庭提供有利於自己當事人的證據。