會計檔案銷毀程序如下：
1、由本單位檔案機構提出銷毀意見，編制會計檔案銷毀清冊。
2、單位負責人在會計檔案銷毀清冊上簽署意見。
3、銷毀會計檔案時，應當由檔案機構和會計機構***同派員監銷。
4、監銷人在銷毀會計檔案前，應當按照會計檔案銷毀清冊所列內容清點核對所要銷毀的會計檔案；銷毀後，應當在會計檔案銷毀清冊上簽名蓋章，並將監銷情況報告本單位負責人。
會計檔案
會計檔案是指會計憑證，會計賬簿和財務報告等會計核算專業資料，是記錄和反映企事業單位經濟業務發生情況的重要史料和證據，屬於單位的重要經濟檔案，是檢查企事業單位過去經濟活動的重要依據，也是國家檔案的重要組成部分。
定義
會計檔案是國家檔案的重要組成部分，也是各單位的重要檔案，它是對壹個單位經濟活動的記錄和反映，通過會計檔案，可以了解每項經濟業務的來龍去脈；可以檢查壹個單位是否遵守財經紀律，在會計資料中有無弄虛作假、違法亂紀等行為；會計檔案還可以為國家、單位提供詳盡的經濟資料，為國家制定宏觀經濟政策及單位制定經營決策提供參考。
《會計法》規定，“各單位對會計憑證、會計帳簿、財務會計報告和其他會計資料應建立檔案，妥善保管。會計檔案的保管期限和銷毀辦法，由國務院財政部門會同有關部門制定。”因此，法律主要依據是《會計檔案管理辦法》，由國務院財政部門和國家檔案局會同制定。