根據《黨的紀律處分條例》，黨內警告是對黨員在黨內工作中違反黨的紀律的處分，應記入黨員個人檔案。黨員個人檔案是記錄黨員個人基本情況、黨內表彰和處分情況的重要文件，對黨員的黨內生活和工作具有重要的參考價值。因此，黨內警告處分將記入黨員個人檔案。