2.1系統初始化設置不同。手工會計的初始化包括建立會計科目、開設總賬、登錄余額等。會計電算化的初始化比較復雜，主要包括會計系統的安裝、賬套的設置、權限的設置、會計科目及其編碼的建立、期初余額的輸入、自動轉賬分錄的定義、會計報表名稱、格式和數據源公式的定義等。
2.2科目的設置和使用存在差異。手工核算時，賬戶分為總賬和明細賬，明細賬大多只設置到三級賬戶。此外，開設輔助賬戶以滿足管理會計的需要。科目的設置和使用壹般只有語文科目。在電算化會計中，壹些財務軟件將系列科目設置為六級以上。除了語文科目，還設置了相應的科目編碼。使用科目時，計算機只要求用戶輸入某壹科目代碼，而不要求輸入中文科目。但在顯示和打印時，壹般會同時顯示中文科目和對應的科目代碼。
2.3會計程序存在差異。手工記賬采用不同的記賬方式，如記賬憑證記賬方式、賬戶匯總表記賬方式、匯總記賬憑證記賬方式、日記賬記賬方式等。對業務數據采取分散采集、分散處理、重復登記的操作方式，通過多人員、多環節進行內部核對和相互核對，以簡化核算程序，減少舞弊和差錯。在電算化會計中，常用的有日記賬文件核算表和憑證文件核算表。在計算機會計系統中，通常只使用壹種會計表格來集中收集、處理和共享數據。
2.4賬簿格式存在差異。在手工核算中，賬簿的格式可分為定制賬簿、活頁賬簿和卡片式賬簿。現金賬簿、存款日記賬、總賬必須采用定制賬簿。但是，在計算機會計系統中，由於打印機的條件限制，無法打印定制的賬簿。因此，根據《會計電算化規範》的規定，所有的賬頁都可以用活頁形式打印，裝訂成冊。
大力推進會計電算化進程，可以加強企業內部財務管理和資金監控，從而提高資金使用效率，降低資金風險，也可以促進其他管理。特別是計算機軟件技術的快速更新和網絡技術的普及發展，對我國會計電算化提出了更新更高的要求。中國企業和會計軟件廠商應該聯合起來，消除壹切影響會計電算化發展的不利因素，推動我國會計電算化向更深層次發展。