南方醫科大學金融系也是最早成立的系。現在它只招金融專業的學生，畢業後可以去重點企業工作，所以就業形勢比較好。
金融專業的就業方向有中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國建設銀行、交通銀行等。也可以從事咨詢行業，主要是管理咨詢、營銷咨詢、IT咨詢等咨詢機構和投行。