不同的歷史背景
會計電算化產生於工業社會。隨著工業化程度的提高，會計業務的處理能力日益增強，會計工作的處理方式卻相對滯後。為了適應企業的發展，加強信息處理，采用電子計算機處理會計業務。會計信息化產生於信息社會。在信息社會，有壹個公式:“企業的財富=管理+信息。由此可見信息的重要性。信息社會需要社會信息化。企業是社會的細胞，社會信息化必然要求企業信息化，企業信息化必然導致會計信息化。
不同的目標
現行的電算化會計系統是建立在手工會計系統基礎上的，其業務流程與手工操作方法基本壹致。主要是減少人工操作系統的重復性工作，提高效率；會計信息系統是從管理者的角度設計的。可以實現會計業務的信息化管理，充分發揮會計工作在企業管理和決策中的核心作用。
不同的技術手段
目前的會計電算化系統主要是為單功能計算機而建立的，因為最初建立時受到環境的限制。後來的電算化會計軟件也是在此基礎上發展和完善的；會計信息系統是在網絡環境下設計的，其主要實現手段是計算機網絡和現代通信等新的信息技術。
職能範圍和會計程序不同。
會計電算化是對手工會計系統的改進。它是在手工的基礎上產生的，所以它的會計程序也被手工會計程序模仿，也是從會計憑證開始的。最後用電腦實現記賬、轉賬、提供報表等功能；而會計信息化正是順應了時代的要求。根據現代信息的時效性、準確性和實時性的特點。它是從管理的角度設計的。它具有業務核算、會計信息管理和決策分析的功能。其會計程序是根據會計目標、信息管理原則和信息技術對會計流程進行重組。
信息輸入和輸出的對象是不同的
會計電算化系統主要是為財務部門設置的。設計中只考慮了財務部門的需求，會計信息由財務部門輸入，輸出時只能由財務部門打印並提交給其他機構；會計信息系統是企業業務處理和管理信息系統的組成部分。其大量數據直接從企業內外的其他系統中獲取，輸出也是由企業內外的各個機構和部門根據授權直接從系統中獲取。
系統的層次是不同的
會計電算化主要基於交易處理層。會計信息化包括交易處理層、信息管理層、決策支持層和決策層。