上海自貿區肩負四項重大使命。
壹、貿易的自由化：即沒有海關監管、查禁、關稅幹預下的貨物自由進口、制造和再出口。上海的目的不是做集裝箱吞吐量最大的港口，而是做轉口貿易和離岸貿易。這裏面最核心部件有兩個，壹是吸引跨國公司總部，另壹個就是構架大宗商品交易平臺。離岸貿易的最核心是解決跨國公司的資金管制問題，自貿區內企業允許搞壹個國際資金池和國內資金池，當中設計有互聯互通的管道。這樣的貿易就是訂單和資金環節是在上海完成的，貨物未必經過上海的港口。
自貿區不會做成集裝箱的堆場，並探索同大長三角周邊地區的錯位競爭和協同合作。更重要的是，推進與自由貨物貿易相關的服務貿易的發展，特別是配套國際大宗商品交易平臺以及航運金融交易平臺，允許境內外企業參與商品期貨和航運遠期交易。在自貿區內將允許境外期貨交易所指定或設立商品期貨的交割倉庫，壹旦建成，將替代韓國釜山和新加坡LME倉庫的部分作用。這些設計不僅會促進相關的服務貿易、服務外包行業（包括融資租賃、檢測維修、審計會計等）的發展，還降低了跨國企業進行全球資源調配和商品價格風險管理的門檻和成本，將助力於自由貿易港的繁榮。
二、投資的自由化：全面實施準入前國民待遇和負面清單管理。非禁即入，除了負面清單規定不能幹的，其他都可以幹。這特別針對的是服務業：金融服務、航運服務、商貿服務、專業服務、社會服務、文化服務，六大領域全部開放。實踐證明，不管是制造業還是服務業，凡是對外開放比較徹底、積極參與全球資源競合的領域，都會發展較好、競爭力變強。因此自貿區內投資會大部分實行備案制，取消外資持股比例或經營範圍等諸多限制。預期率先在試驗區範圍內改革投資項目管理、外商投資企業設立及變更管理、工商登記這三個環節。而船舶運輸、資信調查、融資租賃、檢測維修、演出經紀、娛樂文化、教育培訓、醫療保健等眾多現代生產型和生活型服務性行業，都將對內外資實施公平的準入標準，歡迎國內民營資本和海外直接投資。
其實這應該也是正在進行的中美雙邊投資協定BIT談判的預演，中方同意以準入前國民待遇和負面清單為基礎與美方進行實質性磋商。對外資的“國民待遇”將首次延伸至“準入前”，並不再依賴當前的“外商投資產業指導目錄”來進行行政控制，用以交換美國對等的更透明的外資準入審核流程。這壹點對於中國政府機構改革來說也是意味深長，目的是消解既有政府部門的審批權以及相應的設租、尋租能力。此外，投資也是雙向的，鼓勵中國資本從自貿區向海外直接投資。可能未來在自貿區，對外投資只需要備案。鼓勵成立對外股權投資基金，並提供相應的中介服務，讓自貿區同時成為中國資本走向世界的平臺，大力推進“走出去”戰略。
三、金融的國際化：其終極目的就是推動人民幣國際化。必須要過的壹關是放開資本項目管制。預期在自貿區內，投資和貿易相關的資金可以自由兌換，利率、匯率都是市場決定的，積極探索面向國際的外匯管理改革試點，建立與自貿區相適應的外匯管理體制。同時允許符合條件的外資金融機構設立外資銀行，以及民營資本與外資金融機構***同設立中外合資銀行（可能具有有限牌照）。鼓勵其建立綜合交易平臺，全面放開產品創新。也允許自貿區的金融機構去海外發債，拿錢回來之後可以貸款給自貿區裏面的企業，並突破現有存貸比的限制。同時變革自貿區內企業外債管理方式，力圖實現外匯資金集中運營，以便建立跨國企業的全球資金管理中心。
未來自貿區金融方面的發展願景是很大的，首先是初步實現香港、新加坡、澳門、瑞士、開曼、維京群島等具備的自由貿易和離岸金融等功能，允許區內符合條件的中資銀行從事離岸業務；同時考慮借助類似紐約的國際銀行便利設施（IBF）、東京的JOM等的設計，培育在岸離岸分離型的金融中心（國際板），再通過建立適當的通道和管道（可以是額度、地域、賬戶類型、交易類別等），部分打通離岸和在岸市場，實現有限的互聯互通，允許資金在壹定的範圍或者限額內相互滲透，建立分離滲透型（先單向再雙向）金融市場。在風險可控和效率提升的前提下，最終形成類似倫敦的，全面滲透型和內外壹體化的真正的全球金融中心。
四、行政的精簡化：自貿區將實施“壹線徹底放開、二線安全高效管住、區內貨物自由流動”的創新監管服務新模式，“壹線”指國境線，“徹底”被不斷強調。因此自貿區建設最重要的工作之壹是要在現有的開放試點裏，化繁為簡，減少行政成本，提供壹條整合現有海關特殊監管區的有效路徑。可以預見，未來在自貿區內，質檢工商等所有的市場行政管理職能都會匯總到壹個機構，而分散在壹行三會的金融監管也可能都並在壹起只有壹個金管局，所以真正意義的大部制改革完全可以在試驗區裏實現。其最終目的是──建立集中統壹的市場監管體系，轉變政府職能，提高行政透明度，並進行地方立法試驗和履行投資者權益保護功能，這即是實踐“小政府”的全新的執政理念，也是理清市場和政府最優邊界的最新嘗試。