會計檔案銷毀清冊應永久保存。
《會計檔案管理辦法》規定了我國企業和其他組織等會計檔案的保管期限，該辦法規定的會計檔案保管期限為最低保管期限，根據該辦法的規定，會計檔案移交清冊保存30年。會計檔案銷毀清冊應永久保存。
清冊就理解成記錄東西的小冊子。會計保管清冊就是記錄會計部門交給檔案部門多少會計檔案的冊子，沒有檔案部門的也得由專人來保管的會計檔案。
移交清冊是記錄會計人員臨時或長期離職，由別人接替工作時移交的會計資料的冊子，銷毀清冊是記錄銷毀的會計檔案的冊子。
會計檔案銷毀清冊由誰來編制？
會計檔案銷毀清冊由單位檔案管理機構編制。2016年1月1日起實施的《會計檔案管理辦法》第十八條規定：經鑒定可以銷毀的會計檔案，應當按照以下程序銷毀：
1、單位檔案管理機構編制會計檔案銷毀清冊，列明擬銷毀會計檔案的名稱、卷號、冊數、起止年度、檔案編號、應保管期限、已保管期限和銷毀時間等內容。
2、單位負責人、檔案管理機構負責人、會計管理機構負責人、檔案管理機構經辦人、會計管理機構經辦人在會計檔案銷毀清冊上簽署意見。
3、單位檔案管理機構負責組織會計檔案銷毀工作，並與會計管理機構***同派員監銷。監銷人在會計檔案銷毀前，應當按照會計檔案銷毀清冊所列內容進行清點核對；在會計檔案銷毀後，應當在會計檔案銷毀清冊上簽名或蓋章。
4、電子會計檔案的銷毀還應當符合國家有關電子檔案的規定，並由單位檔案管理機構、會計管理機構和信息系統管理機構***同派員監銷。