負責局機關日常政務和後勤工作。起草和審核相關文件和報告；負責文秘、政務信息、保密、信訪、安全、文件檔案管理和會議籌備等工作；制定內部規章制度，管理機關財務。負責調研和起草地方稅收政策、法規和規章；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰；辦理稅務行政訴訟和行政復議。
2.計劃財務部
負責管理全省地稅系統的經費、財務、設備、固定資產、基本建設和納稅憑證；制定稅收計劃，評估稅收收入；負責會計報表、統計信息數據和稅收運行的綜合分析；監督地方稅務系統財務制度的執行；負責地方稅務系統的內部審計。
3、壹次收款管理
指導全省地稅系統改革和征管工作，建立健全各項征管制度，規範征管體系；指導稅務登記、納稅申報、稅收征收、稅務檢查和行政處罰；管理稅務發票；負責稅法宣傳和稅務咨詢。
4.征管二科
承擔契稅、耕地占用稅、排汙費、工會經費、傷殘保障金的征收管理職能。
5、稅收管理。
負責營業稅、資源稅、土地使用稅、投資方向調節稅、城市維護建設稅、土地增值稅、印花稅、房產稅、教育費附加、文化建設費、涉外稅收等稅收政策法規的執行，以及執行中相關政策問題的解釋和處理；負責處理稅收減免的具體事宜。
6.稅務管理二科
負責國有企業所得稅、集體企業所得稅、股份制企業所得稅、個人所得稅、車船使用稅等相關政策法規的執行，以及執行中相關政策問題的解釋和處理；負責處理稅收減免的具體事宜。
7.人事教育司
制定地稅系統人事管理制度；管理地方稅務系統的人事、勞動和機構編制；負責系統化領導班子建設、幹部思想政治工作和精神文明建設；負責州、地、市地方稅務局局長、副局長及相應級別幹部的管理；負責地稅系統幹部的教育培訓工作。
8、社會保障費征收管理辦公室
負責養老保險費和失業保險費的征收和管理；制定具體的征收管理辦法；研究起草相關法律法規；解釋和處理有關法律法規實施中的壹般性問題；指導兩費登記申報及相關資料的管理；管理社會保險發票和票證；負責兩項費用的公示；組織實施對相關法律法規和政策執行情況的監督檢查。
9.機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。
10，紀檢(監察)機構
紀檢組和監察部合署辦公，分別負責紀檢和行政監察工作。
11，信息管理中心
擬定全省地稅系統信息化建設規劃；組織協調全省地稅系統信息化建設；負責全省地稅系統的信息化管理。
直屬機構:
1，檢驗局
制定全省地方稅務稽查制度和辦法並組織實施；負責全省地方稅收的專項檢查和專項稽查；辦理重大稅務案件的立案、調查和審理意見；指導、監督和協調地稅系統的檢查工作。
2、直屬分公司
負責青藏鐵路蘭青復線工程、國省高速公路項目、省級跨區域重點項目和省政府確定的省級稅收專項項目涉稅事項的征收管理。
其管轄的機構:
西寧、海東、海西、海南、海北、黃南、玉樹、果洛等8個州、地、市地方稅務局；
代理機構:
東川工業園區地稅分局；
生物技術產業園地稅分局；
甘河工業園區地稅分局；
青海湖風景區地方稅務分局。