在會計電算化中輸入的會計科目編碼應當是按末級輸入，上級科目的數據可以通過末級科目的數據匯總得到，其余科目由核算系統根據末級科目自動生成。
設計會計科目編碼首先從壹級科目開始，逐級向下設置明細科目。壹級科目編碼按財政部的統壹編碼方案編制；明細科目編制按照參數設置中對科目編碼級次和級長的規定進行設置。通常的方法是統計科目按順序排列，以序號作為本級科目編碼，加上壹級科目編碼後，組成本級科目編碼。