（1）處理原則不同。公允價值套期改變了被套期項目的會計處理，現金流量套期改變了套期工具的會計處理，從而使套期工具和被套期項目的利得或損失在同壹期間配比，反映出套期會計的實際抵銷結果。
公允價值套期會計按被套期項目因被套期風險形成的利得或損失計入當期損益，同時調整被套期項目的賬面價值的原則處理。而現金流量套期會計，套期工具的利得或損失分為有效部分和無效部分分別進行會計處理。待到被套期項目影響企業損益的相同期間時，將所有者權益部分轉出計入當期損益，但在預期交易的套期後導致確認非金融資產或非金融負債時，現金流量套期會計確實也可能影響被套期項目所產生的負債或資產的賬面價值。
（2）套期工具的會計核算不同。公允價值套期下的套期工具以公允價值為計量基礎，相關損益在當期損益中確認。而在現金流量套期中，套期工具利得或損失中屬於有效的部分，應當直接確認為所有者權益並單列項目反映；無效套期的部分應當計入當期損益。即公允價值套期下的套期工具的利得或損失不遞延；而在現金流量套期下的套期工具的利得或損失（有效部分）予以遞延，先計入所有者權益後轉入損益。
（3）被套期項目的會計核算不同。公允價值套期下的被套期項目要以公允價值調整其賬面價值，相關損益在當期損益中確認。現金流量套期主要適用於預期交易，對於被套期項目是預期交易，且導致金融資產或金融負債的確認的，不進行基差調整。但對預期交易導致後來確認壹項非金融資產或非金融負債的，允許企業選擇是否進行基差調整。