農村集體經濟審計工作受國家審計機關的指導和監督。第四條農村集體經濟組織設立的審計機構依照本條例的規定獨立行使審計監督權，並向本集體經濟組織成員會議、職工會議或者職工代表會議報告工作。第五條審計人員依法行使職權，受法律保護。任何人不得報復。
審計機關和審計人員應當客觀公正地處理審計事項，實事求是，廉潔奉公，保守秘密。第二章審計機構第六條合作社應當設立審計機構，但村經濟合作社和其他經濟規模較小的農村合作經濟組織，經區、縣主管部門批準，不得設立審計機構，其審計工作由鄉鎮合作經濟合作社的審計機構負責。第七條大型集體企業事業單位應設立審計機構，但小型集體企業事業單位經合作管理委員會同意，可以不設立審計機構，其審計工作由合作審計機構承擔。第八條審計機關應當配備相應的專職或者兼職審計人員。
審計人員應當具備與其審計工作相適應的專業知識和業務能力，並經考試合格，持證上崗。第三章審計機關的任務和職權第九條審計機關對合作社進行下列審計:
(壹)財務、管理等內部控制制度；
(二)財務收支計劃的執行情況；
(三)財務會計報表、憑證、賬簿的完整、真實、合法；
(四)集體資產、負債、損益；
(五)建設項目的預算、決算和投資效益；
(六)承包費、租金、征地補償費、公積金、公益金和其他收入的收支情況；
(七)村提留、鄉統籌費、義務工、積累工、集資款以及其他農民負擔的提取、使用和管理情況；
(八)決算和收益分配；
(九)其他需要審計的事項。第十條審計機關對鄉鎮、村集體企業事業單位進行審計的內容包括:
(a)本條例第九條第(1)、(2)、(3)、(4)、(5)及(8)項所指明的土地檢討事宜。
(二)經濟指標完成情況和經濟效益；
(三)合同的履行情況；
(四)其他需要審計的事項。第十壹條審計機關應當根據下列內容對合作社主要負責人和集體企業廠長、經理的離任經濟責任進行審計:
(壹)財務收支的合法性；
(二)經濟指標、經營成果和其他任期目標的真實性；
(三)集體資產、負債、損益；
(四)其他需要審計的事項。第十二條審計機關根據下列內容對農村合作基金會進行審計:
(壹)本條例第九條第(壹)、(二)、(三)項規定的審計項目；
(二)資金、資產、負債、損益；
(三)其他需要審計的事項。第十三條審計機關應當對合作社及其附屬企事業單位的下列事項進行年度審計:
(壹)經營成果；
(2)農民負擔；
(3)列入年度審計計劃的其他事項。第十四條合作社審計機構對合作社及其附屬企事業單位和合作社占控股地位的農村股份合作企業進行審計。
鄉鎮合作經濟合作社審計機構可以對村經濟合作社及其所屬企事業單位進行審計。第十五條根據法律、法規的規定或者必要時，農村合作經濟行政主管部門可以對合作社及其附屬企業、事業單位進行審計。第十六條合作社及其所屬企事業單位可以委托會計(審計)事務所進行審計。第十七條審計機關在審計過程中具有下列職權:
(壹)要求被審計單位提供財務收支計劃、預算執行情況、決算、財務報告、經濟合同以及其他與財務收支有關的資料，被審計單位不得拒絕、拖延或者謊報；
(二)檢查被審計單位的會計報表、憑證、賬簿以及其他與財務收支有關的資料和資產，被審計單位不得拒絕和阻撓；
(三)就審計事項的有關問題向有關單位和個人進行調查，被調查的單位和個人應當如實提供有關情況和證明材料；
(四)有權制止正在進行的損害集體經濟組織利益、違反財經紀律的行為；
(五)有權制止轉移、隱匿、篡改或者毀棄會計報表、憑證、賬簿以及其他有關資料的行為。