我國會計電算化發展同比發達國家來說，起步較晚，有著較大的差距。在大多數人們的思維觀念裏，會計電算化僅僅是代替手工記賬，減輕會計人員負擔的工具，還沒充分認識到電算化對企業的重要性及深遠意義。也有些企業盲目跟隨潮流實行會計電算化，沒從企業的實際出發，造成了資源的大量浪費，提供的信息不能及時、有效地為企業決策及管理服務，嚴重影響了會計電算化在實際工作中的應用。
2.會計電算化人才嚴重缺乏
會計電算化給會計人員提出了更高的要求，目前從事會計電算化操作人員大多數是由過去的會計、出納擔任，雖然有豐富的手工會計經驗，但對計算機方面的知識了解甚少，只能對簡單的日常會計核算進行處理，壹旦出現的故障，不能及時排除，就很可能造成系統數據丟失，造成巨大損失。另外，部分會計人員對會計電算化有所排斥，雖然經過相關培訓，但學習積極性不高，培訓成效不明顯。
3.會計軟件存在缺陷，使用混亂
目前我國財務軟件眾多，軟件開發公司大都強調自己的特色，沒有統壹的標準，缺乏長遠規劃和組織協調，不同的財務軟件相互不能兼容，數據接口、使用方法也不壹樣，導致報表匯總、數據查詢、數據傳輸的困難，給用戶帶來不便。此外，有些單位自行開發財務軟件，在技術水平、資金有限的情況下，盲目開發出壹些低水平軟件，使得會計信息存在著安全隱患，使非法分子有機可乘，讓企業蒙受損失。
4.安全性和保密性差
由於不少企業只看到會計電算化帶來有利的壹面，卻沒有重視會計電算化工作的安全性和保密性，也忽視對會計人員安全防範教育，在實際工作中存在著不少安全隱患。壹些操作人員未能按照正確程序操作，或對計算機病毒防範意識不強，安全保密措施不得當，導致會計資料丟失或被不法分子篡改，直接造成會計信息資源的損失。其次，會計檔案管理制度不完善，檔案歸檔工作處於無序狀態，缺乏管理會計檔案的經驗，容易造成會計資料丟失，從而影響會計檔案的完整性。另外，還有壹些其他因素，比如登帳時突然斷電、死機或發生火災等，造成會計信息處理中斷和數據丟失。
5.會計電算化的基礎管理工作存在漏洞
在會計電算化模式下，需要建立與之相配套的壹系列內部控制制度加以約束。然而，目前實行會計電算化的單位仍采取模仿手工的管理方法，沒有實行重整，崗位分工混亂，權限設置缺乏牽制，會計制度不健全，核算過程不規範。