新《事業單位會計制度》在繼承原有制度的基礎上，又在很多方面有重大的創新和突破，主要變化具體體現在以下幾個方面。
（壹）在相關法規政策的壹貫性方面的變化
新《事業單位會計制度》註意了相關法規政策的壹貫性，在國庫集中支付，部門預算、政府收支分類、以及國有資產管理、財政改革等相關方面有了新的增加。將相關的財政法規和會計規範有效地結合，有利於各項財政改革的政策的落實貫徹。
（二）固定資產折舊和無形資產攤銷的引入
新《事業單位會計制度》要求事業單位依據單位的相關規則制度來決定是否要計提折舊，創新了“虛提”這就和攤銷的處理方法，在計提折舊和攤銷時的資金不計入支出。減輕沖減非流動基金。這種引入固定資產折舊和無形資產攤銷的處理方法，既有利於反映事業單位資產隨著時間推移產生的價值消耗情況，又沒有影響單位的支出預算口徑，為事業單位的內部成本核算提供了有效地數據支持，促進其在資產管理理念和原則方面的創新發展。
（三）將基本建設數據並入到“在建工程”科目中
舊制度要基本建設數據長期“遊離”會計“大帳”。新的制度要求在基礎建設投資方面，按照基本數據建設單獨建賬核算的同時，將基礎數據建設的相關數據並入到會計“大帳”中。這壹新的規定為事業單位全面防範和降低財務風險、加全面加強資產負債管理提供信息支持，對事業單位的會計信息完整性有促進作用 。
（四）加強了對財政投入資金的會計核算
新的制度增設了“財政補助解余”、“財政補助結轉”兩個科目，對財政補助收入的核算口徑做出了新的制度界定，明細核算事業支出科目中財政補助支出的單獨核算。對財政補助結余、財政補助結轉、財政支出情況、財政補助收入的流程過程設計明確的處理方法。加強對財政資金的精細化和科學化管理，發揮財政投入資金會計核算。
（五）規範非財政補助結余、結轉及其分配的核算
新制度設定了“經營結余”、“事業結余”、“非財政補助結轉”等科目，將非財政補助資金結轉、結余的形成和分配情況進行進壹步核算， 並對其分配情況設計科學的賬務處理流程。這種規定符合專款專用、財政結轉結余等部門的預算管理規定，有助於促進事業單位的可持續發展，進壹步規範事業單位的額分配和支出行為。
（六）強化了資產的入賬和計價管理
新《事業單位會計制度》對事業單位中普遍存在的接受捐贈、相關資產不入賬、以及無償調入資產口徑不統壹等問題，進壹步明確了在這種情況下的新的資產計量原則，要求在市場價格無法可靠取得、沒有相關憑據的情況下，按照名義金額入賬的方式將所取得資產進行入賬。此規定有利於事業單位資產及時入賬，加強對國有資產的管理，確保國有資產的安全與完整。
（七）完善了會計科目體系和科目使用說明
按照此次改革的要求，新《事業單位跨級制度》對現行制度下的會計科目體系做出了全面改進、梳理、新增和取消了部分科目，修改了個別科目的名稱，同時明細了科目設置、完善了和科目的核算內容、涉及賬務處理或經濟業務的處理內容，為會計視野單位的實物操作提供全面科學的依據。
（八）對財務報表體系進行了系統改進
新《事業單位會計制度》改進了財務報表體系，增加了“財政補助收支表”。取消了資產負債表中原有的收入，該金收支結構，既全面反映了事業單位壹定時期會計科目的收入、支出面貌，又可反映事業單位年度非財產補助結余的分配情況和形成方式。