在對被審計單位“在建工程”科目進行審計的過程中，發現了以下共性問題:
1.部分工程項目會計主體不明確，工程資金管理分散。
審計發現，部分被審計單位管理的部分工程項目會計科目不明確，工程款多種支付方式，項目產權不明。有的項目在財政局、住建局、城投公司、建設單位，或者在撥款單位的“成本”、“在建工程”科目有支出。分散的資金管理會使項目成本無法清晰歸集，項目完成後無法確定項目的產權關系。
2.部分工程款未取得或施工單位建築安裝工程發票未及時取得。
通過對工程款支付憑證的審查發現:壹是部分預付工程款未取得稅務發票，以收據或白條入賬。原始付款憑證不合規，可能造成國家稅收流失；二是未及時取得工程發票，付款時先取得收據。項目完成後，重新開具發票，粘貼在原始記賬憑證上。上述行為不符合《中華人民共和國發票管理辦法》第21條和《營業稅暫行條例實施細則》第二十五條的規定。
3.部分工程支出原始憑證不完整。
項目資金的支付應嚴格遵循審批程序。付款時除建築施工企業出具的建築安裝工程發票外，還應附有監理單位出具的《工程款撥付審批表》、《工程款撥付審批表》和《工程款支付證書》等相關資料。拆遷補償支出也要取得完善的基礎資料。審計發現，部分項目支出原始憑證不完整，如:部分拆遷補償支出未附拆遷協議或結算憑證，部分未附基礎調查資料，部分預付工程款未附付款憑證。
4.範圍外的項目費用。
審計發現，個別被審計單位在“在建工程”科目中列支有關部門的工作經費或其他費用，超出了“在建工程”科目的業務範圍，主要核算固定資產新建工程、改擴建工程和大修理工程發生的實際支出。
5.部分項目未進行竣工結算審計或未及時結轉。
審計發現，部分已完工程未按要求履行結算審核程序，按照合同造價或施工企業決算支付。有的審計項目長期與“在建工程”掛鉤，固定資產沒有及時結轉。
6.工程支出核算不規範。
部分被審計單位“在建工程”核算過於籠統，個別項目前期勘察費、清單控制價編制費、設計費、拆遷評估費、差旅費、招待費等計入“前期費用”或“管理費用”，未在其下設置“待攤投資”、“建設單位管理費”、“勘察設計費”等明細科目，無法清晰反映各項目的明細支出。不符合《國有建設單位會計制度》對基建項目會計核算的相關要求。同時，沒有對工程款的客戶輔助賬戶進行明細核算，單個項目的工程款總額無法清晰反映各施工單位的付款金額，不利於工程款的規範化管理。
關於在建項目的管理，審計建議:
壹是根據合同的訂立或固定資產的歸屬界定資金支付的性質，正確界定資金支付是“支出”項目還是“在建工程”，將城建資金多口管理、分頭管理的做法改為統壹管理，以便順利歸集工程造價，明晰產權關系；
二是嚴格執行資金支付管理辦法，按合同或工程進度支付，嚴格資金撥付。按照財務法規的要求，嚴格審核施工單位提供的結算憑證，防止用不符合要求的發票結算和入賬。必須按規定使用建築安裝統壹發票，對尚未取得發票的工程項目，要要求施工企業盡快補開發票；
三是改進在建工程的核算方法，根據具體情況和經濟業務的重要性，設置二級、三級或多級明細核算或輔助賬戶。應建立在建工程臺賬，對在建工程合同進行跟蹤，清晰反映合同號、工程名稱、成本對象及工程量、工程單價、合同金額(含追加或調整)、往來款金額、發票金額等信息；
第四，加強對用戶建設資金的監管，確保國家建設資金充分發揮效益。工程竣工後，應及時辦理竣工結算審計，結轉固定資產。