在企業分立完成後，如果分立企業股東構成和股權結構發生變化，即分立完成後原股東之間進行股權轉讓，則應該按照有關規定進行會計處理，構成財稅[2009]59號文規定的股權轉讓方式重組的，應按照財稅[2009]59號有關規定進行稅務處理：符合換股收購條件的（收購企業購買的股權不低於被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低於其交易支付總額的85%），按照特殊性稅務處理進行所得稅事項處理，否則按照壹般性稅務處理方式處理所得稅事項。企業分立應當進行資產評估，防止出現分立後各企業經評估的凈資產之和小於被分立企業註冊資本、新設企業出資不實的情況。
二、案例分析
A公司和D公司***同投資設立B公司，分別持有B公司50%股權，形成***同控制，按照權益法進行核算。B公司有兩項主營業務，A公司和D公司經協商，準備分別發展其中壹項業務。為此，需要將B公司分立為兩家公司，由A公司和D公司分別全資控制其中壹家分立公司。具體的操作方式是，將B公司分拆為兩家公司，A公司和D公司分別持有兩家公司50%的股份，然後按照分立企業資產評估結果，A公司和D公司分別按照股權評估價值從對方購買自己擬控制企業50%的J投權，達到A公司和D公司分別全資控制1個分立公司的目標。
分立前，B公司賬面凈資產5000萬元，其中實收資本100萬元、盈余公積550萬元、未分配利潤4 350萬元。截至分立日，A公司和D公司長期股權投資余額均為2500萬元，其中投資成本50萬元、損益調整2450萬元。按照業務相關性原則，B公司保留壹項業務，分拆業務成立C公司，B公司經評估，凈資產增值5 000萬元，按照資產劃分分別計入分立後B公司和C公司資本公積。
分立後，A公司購買D公司持有分立後B公司50%股權，實現對B公司100%控股，D公司購買A公司持有C公司50%股權，實現對C公司100%控股。有關各方會計處理需要按照分立進程分別處理。
第壹步，B公司分立時各方會計處理（單位：萬元，下同）：在分拆時，A公司和D公司按原持股比例取得分立後B公司和C公司的股權，分立後B公司和C公司均未改變原來的實質經營活動，A公司和D公司沒有發生股權支付，只要在分立後12個月內不進行股權交易，就能符合企業分立適用特殊性稅務處理的條件，不產生繳納所得稅問題。C公司接受分立前B公司的資產和負債的計稅基礎，以分立前B公司的原有計稅基礎確定，A公司和。D公司持有分立後B公司和c公司的股權成本按照分立後B公司和C公司凈資產占分立前B公司凈資產的比例進行分配。
B公司
借：實收資本——A公司 25
——D公司 25
盈余公積 350
未分配利潤 3350
貸：資產類科目 3750
C公司
借：資產類科目 3750
貸：實收資本——公司 25
——D公司 25
資本公積 3700
A公司
借：長期股權投資——c公司——成本 1 875
貸：長期股權投資——B公司——成本 25
——損益調整 1 850
D公司
借：長期股權投資——c公司——成本 1875
貸：長期股權投資——B公司——成本 25
——損益調整 1850
第二步，A公司和D公司交換股權時各方會計處理（假定都按照評估價值確認對價）：
財稅[2009]59號把股權收購也區分為壹般性稅務處理和特殊性稅務處理。A公司和D公司換股收購B公司和c公司股權的比例均為50%，無法滿足股權收購特殊性稅務處理的條件，應該按照壹般性稅務處理的要求進行稅務處理。A公司和D公司需要確認股權轉讓損益和股權收購成本，並按照規定繳納企業所得稅。對B公司和C公司評估增值對凈資產的影響，A公司和D公司需要相應調整投資成本和資本公積。由於A公司和D公司交換股權，分別實現對B公司和c公司100%持股，B公司和C公司按照評估值對資產賬面價值進行調整，對於評估價值和賬面價值的差額作納稅調整，即評估增值額部分不能稅前扣除，計算應納稅所得額時需要在報表利潤基礎上調增評估增值部分對當期利潤額的影響（當然，B公司和C公司也可以不做資產價值調整，但是A公司和D公司在編制合並報表時則需要分別就評估增值對B公司和c公司報表的影響對其報表進行調整）。
B公司
借：資產類科目 1500
貸：資本公積 1500
借：實收資本——D公司 25
貸：實收資本——A公司 25
C公司
借：資產類科目 3500
貸：資本公積 3500
借：實收資本——A公司 25
貸：實收資本——D公司 25
A公司
借：應收賬款——D公司 3625
貸：長期股權投資——c公司——成本 1875
投資收益 1750
借：所得稅 4375
貸：應交稅費——應交企業所得稅 4375
借：長期股權投資——B公司——成本 1375
貸：應收賬款——D公司 1375
借：長期股權投資——B公司——其他權益調整 750
貸：資本公積——其他資本公積 750
D公司
借：應收賬款——A公司 1375
貸：長期股權投資——B公司——成本 625
投資收益 750
借：所得稅 1875
貸：應交稅費——應交企業所得稅 1875
借：長期股權投資——c公司——成本 3625
貸：應牧賬款——A公司 3625
借：長期股權投資——c公司——其他權益調整 1750
貸：資本公積——其他資本公積 1750