香港科技大學會計碩士學位課程註重理論和實踐的結合，旨在培養專業會計師。同樣重視為學生提供與四大會計師事務所等專業機構的接觸與合作的機會，通過港科技會計碩士課程的學習，學生將掌握會計領域的專業知識，從而能夠進入香港會計師公會或者金融、資訊科技、國際商業投資等領域從事相關工作。
課程結構：30學分，包括8門必須課和7門選修課
必修課：公司財務報告1，公司財務報告2，管理會計基礎，稅務，審計，商法，公司法，公司金融。
選修課：財務報表分析，國際國庫管理，國際稅務，企業管制，公司風險管理，中國金融市場，戰略金融與價值創造，兼收、並購、重組，信息系統審計，中國戰略管理。