財務會計制度備案操作流程如下：
納稅人在電子稅務局客戶端辦理涉稅事項辦理時，需要使用CA證書（CA證書現在支持的有福建CA證書、總局CA證書、金稅盤、稅控盤）登錄電子稅務局客戶端，才能辦理此業務。
註：福建CA不需要進行電子印章註冊，有電子印章的則不需要註冊
1：把支持的有福建CA證書、總局CA證書、金稅盤、稅控盤插入電腦，
2：打開稅務局客戶端，點擊幫助中心—數字證書_電子印章軟件—總局電子印章註冊系統——輸入盤的口令——同意——註冊——完成
3:退出稅務局客戶端，重新登錄，點擊CA登錄（不需要輸密碼），直接點登錄
4：輸入盤的口令即可
5：涉稅辦理——登記——財務會計制度備案流程——輸入日期——確定——填寫申請表《財務會計制度及核算軟件備案報告書》
6：打開微信掃描二維碼上傳拍照（納稅人財務、會計制度或納稅人財務、會計核算辦法），或點擊藍色字上傳附列資料，進行電腦本地上傳
7:如核對無誤，點擊確定——左上角點擊電子公章——拖動電子公章到需要蓋章的地方，左擊壹下生成紅色印章——確定
8：點擊關閉按鈕，返回到辦稅桌面——涉稅辦理——事項進度查詢——輸入查詢內容，即可看到是否提交成功