代發工資和企業自行轉賬支付工資的區別在於以下幾個方面：
1、處理的數量，銀行代發可以壹次輸入後壹鍵轉賬，而自行轉賬，則壹般需要單個單個來支付。
2、私密性方面，銀行代發工資可以使工資發放更為私密，能減少勞務糾紛。而自行轉賬，則私密性要差。