1、詳細劃分各種收入類別，並分別簽署合同。物流企業的主營業務包括運輸配送、倉儲服務、裝卸服務、貨運代理，運輸配送適用11%的稅率，倉儲服務、裝卸服務、貨運代理屬於物流輔助服務，適用6%的稅率，收入核算必須區分開來，和甲方簽署的合同也必須區分開來，如果沒有區分開來，將從高按11%的稅率繳納增值稅。
2、部分業務適用貨運代理，可簽多方合同。第三方物流企業有部分業務需要委托外部資源來完成，可簽署多方合同，此時第三方物流企業作為甲方的委托代理人，只收取代理費，適用6%的稅率，外部供應商直接開發票給甲方。
3、分支機構、企業拆分。“營改增”政策中，壹般納稅人的標準是年營業額500萬元。有分支機構的企業，可以把分支機構作為增值稅的獨立納稅主體，因為分支機構中大部分規模達不到壹般納稅人的標準，適用小規模納稅人3%的征收率。或者把公司拆分成兩家或以上家數，使各家公司的年營業額低於500萬元，適用小規模納稅人3%的征收率。此思路不適合甲方對增值稅發票有要求的企業。
二、成本費用
1、選用壹般納稅人資格的供應商。物流企業最難的是取得進項發票，所以在供應商的選擇上，應盡量選擇有壹般納稅人資格的供應商，能取得增值稅專用發票，減少稅率的差距。
2、可增加固定資產投入。第三方企業大部分是輕資產企業，“營改增”政策後，固定資產可以抵扣增值稅，所以應增加固定資產的投入，特別是車輛資源的投入，不但是購入車輛時可以抵扣增值稅，後續的使用（燃油）和維護也可以抵扣增值稅。
3、選用物流企業的倉庫資源。如果租用倉庫，應該選擇物流企業的倉庫資源，以倉儲服務的方式利用倉庫資源，業主方給開具增值稅專用發票。
4、基層作業人員的用工方式。可采用類似但又不同於派遣用工的方式，成立勞務公司，以裝卸服務申請繳納增值稅，可開具增值稅專用發票。
5、其他物資、服務采購的增值稅發票。日常辦公、經營中的各類物資、服務采購，如：辦公耗材、周轉材料、廣告服務、鑒證咨服務等，應盡量取得增值稅專用發票。